279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4348 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 520 aa  1054    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0732  RNA polymease sigma-54 factor protein  44.6 
 
 		 476 aa  384  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.126089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  43.1 
 
 		 500 aa  379  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  41.84 
 
 		 497 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  43.1 
 
 		 500 aa  379  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  41.19 
 
 		 490 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  41.68 
 
 		 500 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  41.73 
 
 		 493 aa  363  4e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  39.54 
 
 		 499 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1899  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.36 
 
 		 468 aa  343  5.999999999999999e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133432  normal  0.0640965 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  41.49 
 
 		 491 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1345  RNA polymerase factor sigma-54  41.3 
 
 		 491 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.23 
 
 		 525 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.23 
 
 		 525 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3119  RNA polymerase factor sigma-54  41.49 
 
 		 491 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  40.15 
 
 		 501 aa  339  7e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  39.38 
 
 		 505 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  38.35 
 
 		 503 aa  335  9e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  40.31 
 
 		 492 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  39.77 
 
 		 493 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  38.91 
 
 		 503 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  39.04 
 
 		 505 aa  334  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  39.07 
 
 		 513 aa  333  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  38.52 
 
 		 515 aa  333  5e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 513 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 513 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  39.5 
 
 		 498 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  39.5 
 
 		 498 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 502 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  39.38 
 
 		 503 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 502 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 502 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  38.64 
 
 		 502 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  38.45 
 
 		 513 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  39.31 
 
 		 501 aa  330  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  39.15 
 
 		 478 aa  329  6e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  39.31 
 
 		 501 aa  329  6e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1352  RNA polymerase factor sigma-54  47.91 
 
 		 477 aa  329  9e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.632235  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6477  RNA polymerase factor sigma-54  47.91 
 
 		 477 aa  329  9e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6067  RNA polymerase factor sigma-54  47.91 
 
 		 477 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.166835  normal  0.0599686 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  39.11 
 
 		 501 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7019  RNA polymerase factor sigma-54  47.63 
 
 		 486 aa  326  6e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  38.72 
 
 		 489 aa  325  8.000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6346  RNA polymerase factor sigma-54  41.79 
 
 		 479 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0651972  normal  0.700008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  38.75 
 
 		 497 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5616  RNA polymerase factor sigma-54  41.79 
 
 		 479 aa  324  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  normal  0.202881 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  39.11 
 
 		 501 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5472  RNA polymerase factor sigma-54  46.46 
 
 		 475 aa  323  6e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130261 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.91 
 
 		 497 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.74 
 
 		 507 aa  321  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  37.35 
 
 		 497 aa  320  6e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  36.87 
 
 		 488 aa  318  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  37.71 
 
 		 511 aa  318  2e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.67 
 
 		 521 aa  315  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.02 
 
 		 529 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 		 497 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 		 497 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 		 489 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  37.33 
 
 		 497 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.86 
 
 		 505 aa  311  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 		 497 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.94 
 
 		 511 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.62 
 
 		 508 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  36.61 
 
 		 482 aa  310  4e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  37.16 
 
 		 502 aa  310  4e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.74 
 
 		 526 aa  310  4e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.19 
 
 		 530 aa  309  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  38.04 
 
 		 488 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  36.94 
 
 		 497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.18 
 
 		 536 aa  306  5.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  37.31 
 
 		 530 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  37.12 
 
 		 507 aa  300  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.35 
 
 		 497 aa  299  7e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  35.37 
 
 		 487 aa  298  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  36.66 
 
 		 488 aa  299  1e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  44.27 
 
 		 484 aa  298  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.76 
 
 		 538 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  33.02 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.41 
 
 		 510 aa  288  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  35.25 
 
 		 477 aa  286  5e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  34.17 
 
 		 478 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  34.54 
 
 		 505 aa  286  7e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  34.17 
 
 		 491 aa  285  9e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  34.56 
 
 		 489 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  34.22 
 
 		 487 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  35.32 
 
 		 477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.43 
 
 		 475 aa  282  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 477 aa  282  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  36.43 
 
 		 475 aa  282  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.64 
 
 		 526 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.01 
 
 		 497 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  43.77 
 
 		 508 aa  281  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  34.87 
 
 		 477 aa  281  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  32.17 
 
 		 491 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  33.84 
 
 		 477 aa  278  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>