279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0732 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0732  RNA polymease sigma-54 factor protein  100 
 
 
476 aa  968    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.126089  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  45.38 
 
 
500 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.38 
 
 
520 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0382133 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  45.13 
 
 
500 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  45.13 
 
 
500 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  42.14 
 
 
497 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  43.12 
 
 
490 aa  378  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  42.89 
 
 
501 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  43.29 
 
 
501 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  43.17 
 
 
513 aa  371  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  42.94 
 
 
498 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  42.94 
 
 
498 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
502 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  42.77 
 
 
513 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
502 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
513 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  42.28 
 
 
501 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
502 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
502 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  42.97 
 
 
513 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 
499 aa  362  8e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  42.2 
 
 
501 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  42.26 
 
 
505 aa  359  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  41.62 
 
 
501 aa  359  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  42.07 
 
 
489 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  41.56 
 
 
488 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  41.39 
 
 
488 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  41.89 
 
 
478 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  43.89 
 
 
484 aa  355  8.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  41.04 
 
 
505 aa  354  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  42.28 
 
 
493 aa  354  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  42.63 
 
 
493 aa  352  8e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  41.2 
 
 
503 aa  351  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  41.84 
 
 
492 aa  349  8e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  41.12 
 
 
503 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  41.04 
 
 
503 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  39.09 
 
 
507 aa  334  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1899  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.8 
 
 
468 aa  332  6e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133432  normal  0.0640965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 
497 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.04 
 
 
525 aa  319  5e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.04 
 
 
525 aa  320  5e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.35 
 
 
529 aa  319  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.02 
 
 
526 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  38.28 
 
 
515 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.84 
 
 
521 aa  316  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  39.68 
 
 
502 aa  315  9e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.64 
 
 
497 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  35.39 
 
 
505 aa  311  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.81 
 
 
536 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3119  RNA polymerase factor sigma-54  41.86 
 
 
491 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1345  RNA polymerase factor sigma-54  41.65 
 
 
491 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 
497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  41.44 
 
 
491 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  36.69 
 
 
497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.52 
 
 
497 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  36.49 
 
 
497 aa  306  7e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0542  RNA polymerase factor sigma-54  35.86 
 
 
464 aa  305  9.000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  37.19 
 
 
530 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 
497 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 
507 aa  305  1.0000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  37.88 
 
 
497 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0518  RNA polymerase factor sigma-54  35.44 
 
 
464 aa  304  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.49 
 
 
511 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2892  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.17 
 
 
484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.68035  normal  0.0692611 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6346  RNA polymerase factor sigma-54  42.47 
 
 
479 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0651972  normal  0.700008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  37.93 
 
 
489 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.99 
 
 
538 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5616  RNA polymerase factor sigma-54  42.2 
 
 
479 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  normal  0.202881 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.47 
 
 
530 aa  299  7e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.82 
 
 
505 aa  298  1e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.92 
 
 
491 aa  297  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  38.08 
 
 
477 aa  297  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.76 
 
 
508 aa  296  4e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  36.08 
 
 
508 aa  297  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  34.15 
 
 
493 aa  295  9e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.63 
 
 
497 aa  295  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  36.4 
 
 
478 aa  294  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  37.13 
 
 
511 aa  293  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  34.97 
 
 
491 aa  293  6e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  35.77 
 
 
482 aa  293  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7019  RNA polymerase factor sigma-54  40.73 
 
 
486 aa  293  6e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50947  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6067  RNA polymerase factor sigma-54  42.2 
 
 
477 aa  293  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.166835  normal  0.0599686 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.79 
 
 
489 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1352  RNA polymerase factor sigma-54  42 
 
 
477 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.632235  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6477  RNA polymerase factor sigma-54  42 
 
 
477 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  34.76 
 
 
489 aa  290  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  36.13 
 
 
477 aa  290  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5472  RNA polymerase factor sigma-54  39.88 
 
 
475 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02227  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 
465 aa  289  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181012  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  38.07 
 
 
477 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  38.48 
 
 
488 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
477 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  38.14 
 
 
477 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>