More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cyan7425_1673 on replicon NC_011884
Organism: Cyanothece sp. PCC 7425



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  100 
 
 
318 aa  636    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  77.04 
 
 
318 aa  509  1e-143  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  77.04 
 
 
318 aa  509  1e-143  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  77.67 
 
 
332 aa  503  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  77.43 
 
 
319 aa  500  1e-140  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  76.42 
 
 
318 aa  495  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  75.47 
 
 
332 aa  496  1e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  71.38 
 
 
320 aa  449  1e-125  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  66.35 
 
 
328 aa  443  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  69.23 
 
 
327 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  66.67 
 
 
327 aa  439  9.999999999999999e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  66.99 
 
 
328 aa  435  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  66.67 
 
 
328 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  65.71 
 
 
327 aa  430  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  64.87 
 
 
320 aa  417  9.999999999999999e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  62.66 
 
 
336 aa  397  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  55.13 
 
 
316 aa  351  8e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.52 
 
 
332 aa  349  4e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.48 
 
 
335 aa  344  1e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.35 
 
 
335 aa  338  9e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.04 
 
 
335 aa  335  5.999999999999999e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.93 
 
 
417 aa  332  6e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  55.16 
 
 
350 aa  329  4e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  50.7 
 
 
416 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.43 
 
 
344 aa  325  7e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  50.14 
 
 
398 aa  325  7e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  54.05 
 
 
320 aa  324  1e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  49.69 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.48 
 
 
344 aa  320  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.61 
 
 
333 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.42 
 
 
417 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.42 
 
 
417 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.88 
 
 
418 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.79 
 
 
344 aa  318  7e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.44 
 
 
455 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.41 
 
 
410 aa  307  1.0000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.89 
 
 
377 aa  300  2e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.79 
 
 
377 aa  296  4e-79  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.61 
 
 
376 aa  293  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  53.11 
 
 
375 aa  287  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  50.17 
 
 
389 aa  288  1e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  53.11 
 
 
375 aa  287  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.43 
 
 
390 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.11 
 
 
386 aa  284  1.0000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.79 
 
 
378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  45.11 
 
 
390 aa  283  3.0000000000000004e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  49.5 
 
 
378 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.33 
 
 
372 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  52.46 
 
 
372 aa  278  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
409 aa  277  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  46.37 
 
 
409 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.51 
 
 
399 aa  276  3e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.55 
 
 
379 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.55 
 
 
379 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
444 aa  275  9e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.51 
 
 
384 aa  274  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  50.33 
 
 
413 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24480  RNA polymerase sigma factor SigB  48.84 
 
 
342 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0306487  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.19 
 
 
376 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.91 
 
 
420 aa  272  4.0000000000000004e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.52 
 
 
338 aa  271  1e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
420 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
451 aa  270  2e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.51 
 
 
295 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1493  RNA polymerase sigma factor SigB  47.92 
 
 
330 aa  270  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
435 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  49.17 
 
 
310 aa  269  5e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
425 aa  269  5.9999999999999995e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.27 
 
 
394 aa  268  8.999999999999999e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
397 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
393 aa  267  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.01 
 
 
423 aa  267  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  48.34 
 
 
422 aa  267  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.95 
 
 
394 aa  266  4e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  47.13 
 
 
422 aa  266  4e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.63 
 
 
559 aa  266  5e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  44.34 
 
 
314 aa  265  7e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.49 
 
 
555 aa  265  8e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0867  sigma-70 factor  46.45 
 
 
388 aa  264  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.515579  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  46.41 
 
 
616 aa  264  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.23 
 
 
495 aa  264  1e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1991  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.42 
 
 
549 aa  263  3e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.918536  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.23 
 
 
337 aa  263  3e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15880  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.56 
 
 
516 aa  263  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.876653  normal  0.155423 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0824  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.75 
 
 
455 aa  263  3e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00671165  hitchhiker  0.000482481 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2963  RNA polymerase sigma factor  46.38 
 
 
495 aa  263  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.743322  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.36 
 
 
295 aa  263  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16690  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.56 
 
 
594 aa  262  4.999999999999999e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.029353 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2406  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.16 
 
 
444 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00127973  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 
559 aa  262  4.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2166  RNA polymerase sigma factor SigB  45.25 
 
 
319 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0407173  hitchhiker  0.00170553 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  46.05 
 
 
528 aa  261  1e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  45.48 
 
 
561 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2177  RNA polymerase sigma factor SigB  45.25 
 
 
319 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2223  RNA polymerase sigma factor SigB  45.25 
 
 
319 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3948  RNA polymerase sigma factor SigB  45.57 
 
 
329 aa  260  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  45.72 
 
 
478 aa  261  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.16 
 
 
495 aa  259  3e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.73 
 
 
409 aa  259  4e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4379  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.31 
 
 
400 aa  259  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>