More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1546 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1546  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 275 aa  568  1e-161  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000827637  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 292 aa  89.7  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2912  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  24.89 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 296 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.64 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 548 aa  63.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  38.71 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  21.65 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  38 
 
 		 530 aa  62.8  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  37.8 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  22.93 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.84 
 
 		 323 aa  62  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  22.91 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 280 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  23.89 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3204  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0220978  normal  0.884966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 97 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1692  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000028699  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.68 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  29.91 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 544 aa  59.7  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 284 aa  59.7  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.11 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 533 aa  59.3  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  21.03 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.33 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 323 aa  58.9  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.33 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.33 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.01 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 313 aa  58.9  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  33.01 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  26.86 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>