More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0042 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  100 
 
 		 396 aa  805    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  37.31 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  33.33 
 
 		 569 aa  106  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  37.31 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.64 
 
 		 554 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.92 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  32.54 
 
 		 523 aa  94.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  32.99 
 
 		 356 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  35.25 
 
 		 519 aa  92.8  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  38.26 
 
 		 283 aa  92  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  34.8 
 
 		 541 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  39.55 
 
 		 236 aa  90.5  4e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  35.8 
 
 		 287 aa  90.9  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 486 aa  89.7  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  35 
 
 		 365 aa  89.4  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.34 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  32.63 
 
 		 205 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  35.85 
 
 		 227 aa  87  6e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  35.62 
 
 		 556 aa  86.7  6e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  32.39 
 
 		 292 aa  85.9  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  36.43 
 
 		 271 aa  85.1  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  29.41 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  32.98 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 381 aa  84  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.72 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.72 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  38.57 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  34.2 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  30.6 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  31.72 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.79 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  31.72 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  29.05 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  31.52 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  30.23 
 
 		 625 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  32.11 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  32.56 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  32.56 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 547 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  31.91 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.56 
 
 		 625 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  31.87 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  35.46 
 
 		 268 aa  79  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  38.22 
 
 		 205 aa  79  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  33.16 
 
 		 541 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  30.37 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  33.77 
 
 		 513 aa  77.4  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  30.32 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  32.37 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  35.1 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  32.11 
 
 		 198 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 231 aa  75.5  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  31.58 
 
 		 198 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  32.9 
 
 		 360 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  34.57 
 
 		 239 aa  75.1  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  29.67 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  26.89 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  33.17 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  34.19 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  30.73 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  32.2 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  35.16 
 
 		 511 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  31.79 
 
 		 625 aa  72.4  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 190 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  30.87 
 
 		 190 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  31.54 
 
 		 190 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 190 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  30.87 
 
 		 190 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.14 
 
 		 444 aa  72.8  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  28.02 
 
 		 348 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  32.26 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  29.75 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  30.06 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.01 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  37.62 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  30.97 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  31.09 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  34.27 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  36.88 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  29.25 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  28.64 
 
 		 228 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10929  rhomboid family membrane protein (AFU_orthologue; AFUA_2G16490)  29.8 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.345748  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  30.17 
 
 		 528 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  27.04 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  31.43 
 
 		 176 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  27.6 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.56 
 
 		 231 aa  68.6  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  33.77 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  29.58 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  30.13 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  31.32 
 
 		 172 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>