184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0458 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  77.58 
 
 		 575 aa  914    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  79.26 
 
 		 576 aa  927    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  100 
 
 		 593 aa  1212    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  77.46 
 
 		 557 aa  833    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  90.24 
 
 		 594 aa  1097    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  77.4 
 
 		 570 aa  834    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  77.59 
 
 		 570 aa  839    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  78.66 
 
 		 583 aa  926    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  52.76 
 
 		 559 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  50 
 
 		 677 aa  472  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  49.22 
 
 		 601 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  44.35 
 
 		 758 aa  369  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  43.25 
 
 		 648 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  42.55 
 
 		 603 aa  348  2e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  42.16 
 
 		 651 aa  344  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  41.21 
 
 		 598 aa  340  4e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  41.48 
 
 		 670 aa  333  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  39.7 
 
 		 713 aa  329  8e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  38.43 
 
 		 592 aa  311  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  37.38 
 
 		 655 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  35.28 
 
 		 673 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  49.38 
 
 		 897 aa  293  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  34.22 
 
 		 658 aa  278  2e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  36.43 
 
 		 648 aa  276  8e-73  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  35.93 
 
 		 723 aa  274  3e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  35.2 
 
 		 714 aa  273  6e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  35.12 
 
 		 641 aa  268  2.9999999999999995e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  34.05 
 
 		 611 aa  231  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  33.92 
 
 		 620 aa  228  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  31.87 
 
 		 663 aa  201  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  32.41 
 
 		 633 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  31.69 
 
 		 633 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  31.63 
 
 		 548 aa  196  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  30.92 
 
 		 809 aa  191  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  31.39 
 
 		 828 aa  189  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  31.17 
 
 		 834 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  28.97 
 
 		 672 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 		 675 aa  186  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 		 665 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  30.63 
 
 		 668 aa  186  9e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  31.18 
 
 		 665 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  31.01 
 
 		 687 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  30.16 
 
 		 666 aa  185  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 		 669 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  30.9 
 
 		 662 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  30.73 
 
 		 663 aa  184  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  31.61 
 
 		 661 aa  184  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  28.84 
 
 		 660 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  30.28 
 
 		 669 aa  183  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  29.25 
 
 		 665 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  32.16 
 
 		 687 aa  182  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  31.25 
 
 		 659 aa  182  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  30.22 
 
 		 661 aa  181  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  30.28 
 
 		 665 aa  181  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  30.09 
 
 		 662 aa  180  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  31.59 
 
 		 678 aa  180  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  30.38 
 
 		 666 aa  180  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  30.28 
 
 		 674 aa  180  7e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.89 
 
 		 678 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  30.74 
 
 		 666 aa  179  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  29.71 
 
 		 673 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  30.48 
 
 		 661 aa  178  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.57 
 
 		 699 aa  179  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  29.48 
 
 		 670 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.24 
 
 		 695 aa  179  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  30.15 
 
 		 659 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  30.22 
 
 		 664 aa  178  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  30.77 
 
 		 676 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  30.02 
 
 		 669 aa  178  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  30.65 
 
 		 666 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  29.48 
 
 		 664 aa  177  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  30.45 
 
 		 661 aa  177  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  29.15 
 
 		 699 aa  177  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  31.21 
 
 		 573 aa  177  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.65 
 
 		 664 aa  176  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  29.93 
 
 		 669 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  29.74 
 
 		 663 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  29.74 
 
 		 663 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  30.46 
 
 		 662 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  29.32 
 
 		 667 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  28.89 
 
 		 660 aa  175  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  30.4 
 
 		 700 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  28.41 
 
 		 723 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  29.78 
 
 		 661 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.7 
 
 		 661 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  30 
 
 		 663 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  26.59 
 
 		 714 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  29.8 
 
 		 661 aa  173  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  30.4 
 
 		 661 aa  173  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  29.37 
 
 		 664 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  29.77 
 
 		 823 aa  171  5e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  28.85 
 
 		 658 aa  170  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  28.77 
 
 		 554 aa  169  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  27.56 
 
 		 630 aa  166  8e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  28.07 
 
 		 666 aa  166  9e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  29.05 
 
 		 637 aa  166  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  29.05 
 
 		 637 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  26.93 
 
 		 756 aa  165  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  28.9 
 
 		 634 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  26.56 
 
 		 627 aa  161  2e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>