196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0178 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 138 aa  269  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 148 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  62.86 
 
 		 149 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  63.04 
 
 		 148 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  61.59 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  57.86 
 
 		 149 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  58.57 
 
 		 160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  35 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  41.8 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  42.16 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  36.15 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  38.32 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  38.58 
 
 		 163 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  34.88 
 
 		 153 aa  72  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  34.88 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  34.38 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  35.77 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  37.86 
 
 		 149 aa  67  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  35.77 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  37.29 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  35.65 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  39.23 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  34.86 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.26 
 
 		 155 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  35.65 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.34 
 
 		 239 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.6 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.56 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 211 aa  53.5  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  32.41 
 
 		 194 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  26.27 
 
 		 570 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  28.8 
 
 		 148 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 		 243 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  36.04 
 
 		 251 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  36.04 
 
 		 251 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  35.9 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  36.04 
 
 		 251 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  36.04 
 
 		 251 aa  52  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  36.04 
 
 		 251 aa  52  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  31.48 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.68 
 
 		 219 aa  51.2  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.11 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4944  cyclic nucleotide-binding protein  27.1 
 
 		 454 aa  50.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4383  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.58 
 
 		 221 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140178  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.83 
 
 		 234 aa  50.4  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  34.19 
 
 		 563 aa  50.4  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.44 
 
 		 226 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  32.04 
 
 		 1065 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.04 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  31.71 
 
 		 1048 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.45 
 
 		 222 aa  48.5  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 254 aa  48.9  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  31.91 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.67 
 
 		 215 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  31.68 
 
 		 215 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 225 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 257 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  33.71 
 
 		 801 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  25.81 
 
 		 275 aa  47.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  34.45 
 
 		 594 aa  47.4  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 226 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11017  hypothetical protein  34.26 
 
 		 333 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.210732  normal  0.341372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  28.36 
 
 		 245 aa  47  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 224 aa  47  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.61 
 
 		 230 aa  47  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.53 
 
 		 230 aa  47  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0267635  normal  0.395563 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  31.68 
 
 		 215 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 226 aa  47  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  27.61 
 
 		 261 aa  46.6  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.53 
 
 		 248 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.32 
 
 		 858 aa  46.2  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0065  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 258 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0605636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 226 aa  46.6  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  33.75 
 
 		 413 aa  46.2  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 		 238 aa  47  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  29.73 
 
 		 165 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 		 219 aa  45.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.82 
 
 		 222 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.05 
 
 		 236 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.36 
 
 		 503 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  34.82 
 
 		 598 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1737  cyclic nucleotide-binding protein  32.29 
 
 		 584 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 226 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 		 227 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.99 
 
 		 223 aa  46.2  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 226 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.24 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.12 
 
 		 228 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2678  cyclic nucleotide-binding protein  30.69 
 
 		 1017 aa  44.7  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0916435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  27.2 
 
 		 435 aa  45.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 261 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  29.91 
 
 		 441 aa  44.7  0.0004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11692  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 244 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.476097 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>