More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3887 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
326 aa  640    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.08 
 
 
313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.87 
 
 
313 aa  310  1e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00430281  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.12 
 
 
312 aa  295  9e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.57 
 
 
318 aa  295  9e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.45 
 
 
310 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.79 
 
 
241 aa  236  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.94 
 
 
340 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138732  normal  0.0406215 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.5 
 
 
333 aa  225  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726058  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
341 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0686  oxidoreductase  43.22 
 
 
324 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.4 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
324 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1053  oxidoreductase  45.69 
 
 
319 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176111  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  46.95 
 
 
321 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.42 
 
 
315 aa  206  4e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.839369  normal  0.374763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  44.34 
 
 
320 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6184  oxidoreductase  46.47 
 
 
321 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.69376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
341 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.406343  normal  0.0918592 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.77 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.550402 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
325 aa  199  7.999999999999999e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.167691 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
332 aa  198  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.760663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165164  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
325 aa  196  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.11239  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 
331 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2701  oxidoreductase  43.09 
 
 
320 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0359887  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
339 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
339 aa  192  6e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
318 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.456891  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  43.28 
 
 
329 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
323 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
336 aa  189  8e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  0.0397379 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
326 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3640  oxidoreductase  41.25 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.73 
 
 
331 aa  184  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1253  oxidoreductase  45.83 
 
 
321 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619751  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6579  oxidoreductase  45.83 
 
 
321 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
338 aa  179  7e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
331 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0139677  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.13 
 
 
327 aa  177  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2559  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.56 
 
 
339 aa  161  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 
297 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.27 
 
 
298 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.72 
 
 
312 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
307 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36252  predicted protein  39.35 
 
 
320 aa  151  1e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.140786  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
289 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
289 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
289 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  38.79 
 
 
316 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  46.6 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
298 aa  146  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  46.63 
 
 
300 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.25 
 
 
301 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  39.64 
 
 
317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
315 aa  140  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
291 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.98 
 
 
288 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  35.77 
 
 
284 aa  137  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  48.34 
 
 
300 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
281 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  46.61 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  40.07 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  44.29 
 
 
302 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01783  short-chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G00280)  35.28 
 
 
661 aa  133  5e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0309502 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  43.33 
 
 
303 aa  133  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
317 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  37.72 
 
 
292 aa  130  3e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
292 aa  129  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
303 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.67 
 
 
328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
303 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
298 aa  126  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
297 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
289 aa  126  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
271 aa  125  9e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.196171  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
303 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
284 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
305 aa  124  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>