More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1284 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  100 
 
 
338 aa  698    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  73.03 
 
 
357 aa  494  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  71.82 
 
 
336 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  62.65 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  62.65 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  64 
 
 
331 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  62.96 
 
 
325 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  63.69 
 
 
331 aa  424  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  62.96 
 
 
325 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  62.96 
 
 
325 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  62.96 
 
 
325 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  62.65 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  62.96 
 
 
325 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  63.69 
 
 
331 aa  424  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  63.69 
 
 
331 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  63.69 
 
 
326 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  62.65 
 
 
325 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  61.73 
 
 
328 aa  418  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  59.76 
 
 
340 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  61.4 
 
 
331 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  61.03 
 
 
335 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  61.7 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  61.7 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  61.7 
 
 
342 aa  411  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  55.56 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  61.11 
 
 
328 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  61.23 
 
 
330 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.35 
 
 
359 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  55.14 
 
 
362 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  60.62 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  55.71 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  55.71 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  55.71 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  54.99 
 
 
363 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  55.27 
 
 
363 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  55.27 
 
 
363 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  54.99 
 
 
363 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.81 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  52.96 
 
 
366 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  56.23 
 
 
357 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.78 
 
 
357 aa  388  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.81 
 
 
355 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  52.66 
 
 
368 aa  385  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  50 
 
 
373 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  51.27 
 
 
372 aa  363  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  54.22 
 
 
338 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.28 
 
 
370 aa  349  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  51.38 
 
 
342 aa  330  2e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  53.09 
 
 
336 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  48.35 
 
 
353 aa  318  6e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
362 aa  315  7e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.63 
 
 
381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.81 
 
 
341 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
349 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.3 
 
 
484 aa  281  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  59.74 
 
 
434 aa  273  3e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.59 
 
 
463 aa  248  7e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
459 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.18 
 
 
490 aa  238  8e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  41.21 
 
 
491 aa  238  9e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 
459 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.67 
 
 
480 aa  235  7e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.18 
 
 
461 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.57 
 
 
477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.43 
 
 
459 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  41.18 
 
 
461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.18 
 
 
461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  41.18 
 
 
461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.18 
 
 
461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.2 
 
 
513 aa  233  3e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  41.34 
 
 
466 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.87 
 
 
461 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.81 
 
 
458 aa  232  6e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.43 
 
 
459 aa  232  9e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
468 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
468 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.61 
 
 
442 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1904  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 
456 aa  231  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.865916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.86 
 
 
635 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.38 
 
 
509 aa  230  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.79 
 
 
480 aa  229  4e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.7 
 
 
467 aa  229  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.28 
 
 
665 aa  229  5e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.58 
 
 
478 aa  229  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
474 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.98 
 
 
653 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  48.28 
 
 
520 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
650 aa  227  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  44.11 
 
 
452 aa  226  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.12 
 
 
592 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.95 
 
 
453 aa  227  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.12 
 
 
592 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0356  putative two component response regulator  50.43 
 
 
492 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  40.38 
 
 
505 aa  226  5.0000000000000005e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.46 
 
 
508 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.79 
 
 
495 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  48.93 
 
 
441 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  48.93 
 
 
441 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  48.93 
 
 
441 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  48.93 
 
 
441 aa  225  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>