More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003815 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  100 
 
 
336 aa  688    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  91.04 
 
 
357 aa  622  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  71.82 
 
 
338 aa  499  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  62.54 
 
 
328 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  61.93 
 
 
335 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  61.93 
 
 
328 aa  427  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  61.14 
 
 
331 aa  427  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  60.84 
 
 
331 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  61.14 
 
 
326 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  61.52 
 
 
330 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  59.76 
 
 
340 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  56.37 
 
 
359 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  60.24 
 
 
331 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  60.54 
 
 
331 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  59.57 
 
 
325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  59.88 
 
 
325 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  59.57 
 
 
325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  59.57 
 
 
325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 
342 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  54.62 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 
342 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 
342 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  57.26 
 
 
357 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.14 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  54.62 
 
 
363 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  54.34 
 
 
363 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  54.62 
 
 
363 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  54.21 
 
 
362 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  54.21 
 
 
362 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  54.49 
 
 
362 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  55.18 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.41 
 
 
355 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  54.78 
 
 
362 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  54.55 
 
 
368 aa  408  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  54.47 
 
 
366 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  60.12 
 
 
331 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  58.36 
 
 
325 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.84 
 
 
357 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  53.46 
 
 
372 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  51.1 
 
 
373 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.25 
 
 
370 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  54.82 
 
 
338 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.7 
 
 
353 aa  335  3.9999999999999995e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  52.28 
 
 
336 aa  330  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
362 aa  324  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.92 
 
 
341 aa  312  4.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  47.42 
 
 
342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.35 
 
 
349 aa  305  7e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.54 
 
 
381 aa  302  5.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.28 
 
 
434 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.96 
 
 
484 aa  262  4.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.15 
 
 
459 aa  250  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.56 
 
 
459 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
459 aa  242  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
473 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
473 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
473 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.48 
 
 
456 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.39 
 
 
470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.48 
 
 
463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.92 
 
 
459 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.09 
 
 
480 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.56 
 
 
540 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  40.37 
 
 
491 aa  232  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
586 aa  232  6e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.12 
 
 
461 aa  232  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.86 
 
 
472 aa  229  3e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.59 
 
 
466 aa  229  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.79 
 
 
483 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.79 
 
 
485 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.09 
 
 
509 aa  228  8e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.79 
 
 
483 aa  228  8e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  38.91 
 
 
542 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.25 
 
 
461 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.23 
 
 
458 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.82 
 
 
456 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.9 
 
 
748 aa  228  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.55 
 
 
461 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  38.25 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.25 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  38.25 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.25 
 
 
461 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.83 
 
 
480 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  40.3 
 
 
466 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
477 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  42.12 
 
 
508 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  38.55 
 
 
514 aa  227  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.59 
 
 
515 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.44 
 
 
478 aa  226  3e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.71 
 
 
635 aa  226  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.34 
 
 
458 aa  226  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  38.6 
 
 
481 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.79 
 
 
457 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.9 
 
 
544 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.52 
 
 
456 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>