More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2579 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  100 
 
 
359 aa  735    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  80.11 
 
 
363 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  80.11 
 
 
363 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  79.84 
 
 
363 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  79.84 
 
 
363 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  77.63 
 
 
368 aa  588  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  79.67 
 
 
362 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  78.51 
 
 
363 aa  584  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  79.67 
 
 
362 aa  587  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  79.56 
 
 
362 aa  586  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  79.06 
 
 
362 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  77.72 
 
 
357 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  75.68 
 
 
366 aa  570  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  78.27 
 
 
355 aa  570  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.69 
 
 
357 aa  567  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.22 
 
 
356 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  64.95 
 
 
373 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  62.43 
 
 
372 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.85 
 
 
370 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  56.86 
 
 
357 aa  424  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  56.37 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  58.43 
 
 
335 aa  415  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  59.03 
 
 
325 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  59.03 
 
 
325 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  58.29 
 
 
330 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  59.03 
 
 
325 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  59.54 
 
 
342 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  57.71 
 
 
328 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  59.54 
 
 
342 aa  413  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  59.54 
 
 
342 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  59.31 
 
 
325 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  57.35 
 
 
338 aa  410  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 
326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  57.71 
 
 
328 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 
331 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  57.02 
 
 
331 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  56.73 
 
 
331 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 
325 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  56.45 
 
 
331 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  57.43 
 
 
331 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  50.71 
 
 
340 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  53.06 
 
 
338 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.87 
 
 
336 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  47.22 
 
 
353 aa  335  5.999999999999999e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  50.14 
 
 
362 aa  333  3e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  50.88 
 
 
342 aa  329  5.0000000000000004e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.57 
 
 
341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.29 
 
 
349 aa  325  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.24 
 
 
381 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  40.53 
 
 
434 aa  291  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.59 
 
 
484 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.75 
 
 
480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
485 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
483 aa  252  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
483 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.21 
 
 
458 aa  247  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.28 
 
 
456 aa  240  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.8 
 
 
650 aa  239  5.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.31 
 
 
459 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.72 
 
 
459 aa  239  8e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.83 
 
 
463 aa  238  9e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.89 
 
 
515 aa  236  5.0000000000000005e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  47.52 
 
 
520 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  50.21 
 
 
539 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  37.89 
 
 
593 aa  235  9e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.84 
 
 
545 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  39.84 
 
 
545 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  48.95 
 
 
537 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  52.32 
 
 
569 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  45.45 
 
 
522 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.23 
 
 
458 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  48.71 
 
 
542 aa  233  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
461 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  41.39 
 
 
547 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  37.25 
 
 
509 aa  233  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.21 
 
 
665 aa  232  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.31 
 
 
459 aa  233  6e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.59 
 
 
459 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.77 
 
 
509 aa  232  9e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.65 
 
 
471 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.92 
 
 
544 aa  231  1e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  40.96 
 
 
572 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.83 
 
 
470 aa  231  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.12 
 
 
451 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49 
 
 
502 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.38 
 
 
524 aa  231  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  49.37 
 
 
533 aa  230  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.39 
 
 
635 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.13 
 
 
454 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  40.73 
 
 
549 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.35 
 
 
473 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.37 
 
 
561 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.89 
 
 
485 aa  229  5e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.89 
 
 
454 aa  229  7e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  40.58 
 
 
580 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>