More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1806 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  88.43 
 
 		 363 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  100 
 
 		 363 aa  749    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  88.43 
 
 		 363 aa  665    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 362 aa  658    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  91.46 
 
 		 362 aa  681    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  91.46 
 
 		 362 aa  682    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  91.18 
 
 		 362 aa  685    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  88.15 
 
 		 363 aa  665    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  88.15 
 
 		 363 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  78.51 
 
 		 359 aa  584  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  79.67 
 
 		 357 aa  587  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 366 aa  579  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.62 
 
 		 356 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  79.06 
 
 		 357 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  77.3 
 
 		 368 aa  568  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.9 
 
 		 355 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  65.19 
 
 		 373 aa  491  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  64.19 
 
 		 372 aa  474  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.58 
 
 		 370 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  55.43 
 
 		 357 aa  414  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  55.56 
 
 		 338 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  56.94 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.94 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  57.46 
 
 		 335 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  57.91 
 
 		 330 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  54.9 
 
 		 336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  56.94 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  57.02 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  403  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  57.06 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  57.02 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  57.02 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  403  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  403  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  56.66 
 
 		 325 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  57.34 
 
 		 331 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  56.21 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  55.37 
 
 		 331 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  55.24 
 
 		 331 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  55.37 
 
 		 326 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  56.09 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  54.39 
 
 		 331 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  54.11 
 
 		 331 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  51.12 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 338 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 353 aa  347  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.28 
 
 		 336 aa  342  5e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.74 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 362 aa  326  5e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.34 
 
 		 349 aa  325  8.000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  48.85 
 
 		 342 aa  324  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.77 
 
 		 381 aa  293  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  39.56 
 
 		 434 aa  287  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 		 484 aa  277  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 480 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.96 
 
 		 456 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.12 
 
 		 483 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.12 
 
 		 483 aa  242  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 485 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  38.01 
 
 		 593 aa  239  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.58 
 
 		 542 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.28 
 
 		 458 aa  237  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  40.76 
 
 		 580 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.84 
 
 		 545 aa  235  8e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  39.84 
 
 		 545 aa  235  8e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.59 
 
 		 524 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 485 aa  233  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.22 
 
 		 544 aa  234  3e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.22 
 
 		 515 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50 
 
 		 670 aa  233  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50 
 
 		 670 aa  233  5e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  50 
 
 		 668 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  50 
 
 		 670 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  50 
 
 		 670 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50 
 
 		 670 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  50.43 
 
 		 522 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  38.18 
 
 		 600 aa  232  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  40.11 
 
 		 539 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.25 
 
 		 584 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  52.38 
 
 		 511 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.28 
 
 		 748 aa  230  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.58 
 
 		 648 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.89 
 
 		 463 aa  230  3e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  49.58 
 
 		 670 aa  230  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 549 aa  230  4e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 459 aa  229  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  40.39 
 
 		 533 aa  229  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  38.87 
 
 		 583 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 520 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  40.61 
 
 		 547 aa  229  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  41.01 
 
 		 513 aa  228  9e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  39.83 
 
 		 532 aa  228  9e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.72 
 
 		 459 aa  228  9e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  51.07 
 
 		 572 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 466 aa  228  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  38.93 
 
 		 569 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 537 aa  228  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>