More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3774 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  100 
 
 		 372 aa  766    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  71.2 
 
 		 373 aa  553  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.97 
 
 		 370 aa  525  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  64.75 
 
 		 366 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 362 aa  484  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 362 aa  484  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 362 aa  483  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 362 aa  479  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  64.19 
 
 		 363 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 363 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.89 
 
 		 355 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 363 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.29 
 
 		 356 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  63.26 
 
 		 363 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  62.57 
 
 		 363 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.29 
 
 		 357 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  62.43 
 
 		 359 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  62.19 
 
 		 357 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  61.52 
 
 		 368 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  56.75 
 
 		 342 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  56.75 
 
 		 342 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  56.75 
 
 		 342 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  56.01 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  56.55 
 
 		 330 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  56.11 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  398  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  54.82 
 
 		 331 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  54.82 
 
 		 326 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.235357 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  54.82 
 
 		 325 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  54.82 
 
 		 325 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  55.1 
 
 		 331 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  54.82 
 
 		 325 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  54.82 
 
 		 331 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  55.56 
 
 		 328 aa  391  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  54.55 
 
 		 331 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  54.47 
 
 		 331 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  53.74 
 
 		 336 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  54.9 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  51.96 
 
 		 357 aa  378  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  51.27 
 
 		 338 aa  363  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  47.35 
 
 		 340 aa  354  1e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 353 aa  340  2.9999999999999998e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 338 aa  335  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.51 
 
 		 349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  47.21 
 
 		 336 aa  325  7e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.83 
 
 		 341 aa  324  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  48 
 
 		 342 aa  319  5e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.04 
 
 		 381 aa  305  7e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  40.19 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.23 
 
 		 484 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 458 aa  240  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 480 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50.41 
 
 		 474 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 461 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  47.84 
 
 		 542 aa  231  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.57 
 
 		 463 aa  230  3e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 549 aa  230  4e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.27 
 
 		 482 aa  229  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.06 
 
 		 483 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 537 aa  229  8e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 490 aa  229  8e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  48.95 
 
 		 522 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  47.66 
 
 		 441 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 485 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.18 
 
 		 604 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.06 
 
 		 483 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  47.66 
 
 		 441 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  47.27 
 
 		 441 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  47.66 
 
 		 441 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  47.92 
 
 		 525 aa  227  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 470 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  50.22 
 
 		 533 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.47 
 
 		 439 aa  226  4e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 473 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  49.57 
 
 		 539 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.33 
 
 		 456 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  36.25 
 
 		 593 aa  226  5.0000000000000005e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.19 
 
 		 544 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  49.17 
 
 		 668 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.17 
 
 		 670 aa  226  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  49.17 
 
 		 670 aa  226  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.17 
 
 		 670 aa  226  6e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.17 
 
 		 670 aa  226  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  47.66 
 
 		 441 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  49.17 
 
 		 670 aa  226  7e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  47.49 
 
 		 441 aa  225  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  48.35 
 
 		 549 aa  225  8e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.76 
 
 		 665 aa  225  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  47.49 
 
 		 441 aa  225  9e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 510 aa  224  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.17 
 
 		 648 aa  225  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  47.49 
 
 		 441 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  47.35 
 
 		 507 aa  224  1e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>