More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2336 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  95.73 
 
 
328 aa  635    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
328 aa  666    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  80.61 
 
 
330 aa  534  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  80.55 
 
 
335 aa  532  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  80.36 
 
 
331 aa  518  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  77.23 
 
 
325 aa  511  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  77.23 
 
 
325 aa  511  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  512  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  76.36 
 
 
331 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  76.88 
 
 
342 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  77.23 
 
 
325 aa  511  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  76.88 
 
 
342 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  513  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  76.88 
 
 
342 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  76.99 
 
 
326 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  77.06 
 
 
331 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
325 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  76.38 
 
 
331 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  75.77 
 
 
331 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  75 
 
 
325 aa  490  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  61.75 
 
 
357 aa  424  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  62.35 
 
 
336 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  61.73 
 
 
338 aa  418  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.62 
 
 
356 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.71 
 
 
359 aa  412  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.82 
 
 
373 aa  407  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.33 
 
 
357 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  58.91 
 
 
357 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  56.5 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.8 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  56.09 
 
 
362 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  56.21 
 
 
363 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  56.11 
 
 
368 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  57.4 
 
 
340 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  56.37 
 
 
362 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  56.37 
 
 
362 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  56.66 
 
 
362 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  56.21 
 
 
363 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.21 
 
 
363 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.11 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  56.21 
 
 
363 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  55.31 
 
 
366 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.7 
 
 
370 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  52.68 
 
 
338 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  55.38 
 
 
336 aa  346  3e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.4 
 
 
353 aa  335  5.999999999999999e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
349 aa  333  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  52.33 
 
 
362 aa  332  8e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.2 
 
 
341 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  49.85 
 
 
342 aa  320  3e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.22 
 
 
381 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  63.2 
 
 
434 aa  293  2e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
484 aa  270  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.2 
 
 
459 aa  257  2e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  43.03 
 
 
518 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.03 
 
 
524 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  43.44 
 
 
509 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.82 
 
 
459 aa  247  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.34 
 
 
459 aa  247  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.42 
 
 
459 aa  246  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.89 
 
 
456 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.34 
 
 
442 aa  245  6e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.45 
 
 
471 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.01 
 
 
509 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.8 
 
 
463 aa  242  6e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.03 
 
 
452 aa  241  9e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.96 
 
 
470 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
480 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  45.69 
 
 
522 aa  240  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 
466 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
458 aa  239  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.41 
 
 
517 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  42.37 
 
 
491 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.95 
 
 
448 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
468 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
468 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
461 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.82 
 
 
517 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
467 aa  236  5.0000000000000005e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
635 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 
515 aa  235  8e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.25 
 
 
483 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  40.84 
 
 
508 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 
466 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  42.27 
 
 
453 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0123  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  54.59 
 
 
482 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.26388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.07 
 
 
561 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.62 
 
 
453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.49 
 
 
521 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.72 
 
 
462 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 
485 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.99 
 
 
457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.25 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.87 
 
 
508 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.3 
 
 
454 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.61 
 
 
458 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
508 aa  233  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>