More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2611 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
328 aa  669    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  95.73 
 
 
328 aa  635    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  79.94 
 
 
335 aa  528  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  79.7 
 
 
330 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  77.78 
 
 
342 aa  514  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  77.78 
 
 
342 aa  514  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  77.78 
 
 
342 aa  514  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  79.46 
 
 
331 aa  511  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
331 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
331 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  76.6 
 
 
325 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  505  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
326 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  76.6 
 
 
325 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
325 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  76.07 
 
 
331 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  75.77 
 
 
331 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  76.23 
 
 
325 aa  497  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  61.75 
 
 
336 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  61.45 
 
 
357 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  61.11 
 
 
338 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  57.38 
 
 
373 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.2 
 
 
356 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  57.63 
 
 
363 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  58.07 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  57.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  57.51 
 
 
362 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.71 
 
 
359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  57.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  57.51 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  57.06 
 
 
363 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  57.34 
 
 
363 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  57.51 
 
 
362 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  58.62 
 
 
357 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  57.27 
 
 
340 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  56.15 
 
 
366 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.23 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.76 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  55.56 
 
 
372 aa  391  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  55.56 
 
 
368 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.98 
 
 
370 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  53.27 
 
 
338 aa  362  7.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  55.08 
 
 
336 aa  342  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  52.62 
 
 
362 aa  333  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.4 
 
 
353 aa  330  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.13 
 
 
349 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  49.85 
 
 
342 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.49 
 
 
341 aa  315  9e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.12 
 
 
381 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  61.9 
 
 
434 aa  291  7e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.77 
 
 
484 aa  273  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.04 
 
 
459 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.2 
 
 
456 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  41.93 
 
 
518 aa  245  8e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  46.43 
 
 
522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.29 
 
 
524 aa  243  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
459 aa  242  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
452 aa  240  2e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.49 
 
 
463 aa  239  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.72 
 
 
442 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
471 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  45 
 
 
459 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.79 
 
 
459 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  41.38 
 
 
509 aa  237  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0123  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  54.59 
 
 
482 aa  237  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.26388 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  44.84 
 
 
511 aa  237  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.72 
 
 
470 aa  236  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.59 
 
 
461 aa  235  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  43.17 
 
 
492 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
458 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.51 
 
 
517 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.63 
 
 
448 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 
480 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
635 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.62 
 
 
454 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.87 
 
 
509 aa  233  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
466 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
468 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
468 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  43.08 
 
 
441 aa  232  5e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.27 
 
 
467 aa  232  6e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
466 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.18 
 
 
521 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 
457 aa  231  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  42.24 
 
 
525 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 
464 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3407  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.93 
 
 
458 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.46 
 
 
515 aa  230  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
462 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.74 
 
 
514 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  40.79 
 
 
550 aa  230  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.84 
 
 
439 aa  230  3e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  42.77 
 
 
441 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  42.77 
 
 
441 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03564  nitrogen regulation protein NR(I)  53.28 
 
 
464 aa  229  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>