More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0480 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  100 
 
 		 340 aa  701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  60.36 
 
 		 357 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  61.52 
 
 		 325 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  60.91 
 
 		 331 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  59.46 
 
 		 336 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 		 331 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 		 326 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  59.04 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  59.04 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  59.34 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  59.34 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  57.74 
 
 		 330 aa  414  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  59.04 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  59.34 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  59.34 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  59.76 
 
 		 338 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  59.34 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  59.04 
 
 		 325 aa  415  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  60.3 
 
 		 331 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  60 
 
 		 331 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  58.79 
 
 		 335 aa  408  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  57.4 
 
 		 328 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  57.27 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  57.31 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  57.27 
 
 		 331 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.71 
 
 		 356 aa  388  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 363 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  51.12 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  50.56 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 362 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  50.71 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  52.29 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  51.25 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 366 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.14 
 
 		 355 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  49.18 
 
 		 373 aa  367  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  53.13 
 
 		 338 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  47.35 
 
 		 372 aa  354  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.75 
 
 		 370 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  52.28 
 
 		 336 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 353 aa  327  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.57 
 
 		 381 aa  322  7e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.77 
 
 		 349 aa  318  6e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.29 
 
 		 341 aa  316  4e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  46.46 
 
 		 342 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  49.47 
 
 		 434 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.37 
 
 		 484 aa  259  4e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.68 
 
 		 670 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  53.25 
 
 		 668 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.25 
 
 		 670 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  53.25 
 
 		 670 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.25 
 
 		 670 aa  241  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  53.25 
 
 		 670 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  53.25 
 
 		 648 aa  240  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.43 
 
 		 542 aa  239  4e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  52.81 
 
 		 670 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 466 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.3 
 
 		 463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 		 456 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 457 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.21 
 
 		 635 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  39.14 
 
 		 509 aa  232  6e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.5 
 
 		 544 aa  232  7.000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 549 aa  232  7.000000000000001e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  40 
 
 		 648 aa  232  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 		 515 aa  230  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 454 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.81 
 
 		 543 aa  229  3e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 537 aa  229  4e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.51 
 
 		 457 aa  228  8e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0133  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.97 
 
 		 448 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0150  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 448 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 448 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837927 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 473 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  39.59 
 
 		 481 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.57 
 
 		 442 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5095  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 448 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  40.48 
 
 		 477 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.18 
 
 		 509 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.36 
 
 		 458 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 		 452 aa  226  6e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.93 
 
 		 650 aa  225  7e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 480 aa  225  7e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 462 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  38.19 
 
 		 583 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.7 
 
 		 544 aa  225  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0495  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 456 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 464 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.99 
 
 		 544 aa  225  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.92 
 
 		 517 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 545 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>