More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0383 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
381 aa  759    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.74 
 
 
434 aa  411  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  55.14 
 
 
362 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  53.33 
 
 
342 aa  347  2e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  322  5e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  322  5e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  45.57 
 
 
340 aa  322  5e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  322  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  322  5e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  322  5e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  48.33 
 
 
325 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  48.33 
 
 
325 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  48.61 
 
 
325 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  48.33 
 
 
325 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  49.3 
 
 
330 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  47.53 
 
 
331 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  48.22 
 
 
328 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  47.53 
 
 
326 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  47.25 
 
 
331 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  47.63 
 
 
338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  47.95 
 
 
342 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  47.95 
 
 
342 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  47.95 
 
 
342 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  47.25 
 
 
331 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  47.68 
 
 
335 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  47.81 
 
 
325 aa  311  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  46.7 
 
 
331 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  45.03 
 
 
373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  47.65 
 
 
357 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  44.9 
 
 
368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  45.43 
 
 
362 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  48.62 
 
 
331 aa  309  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  43.49 
 
 
363 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  45.18 
 
 
372 aa  307  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.79 
 
 
370 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  44.66 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  44.66 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  43.49 
 
 
363 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  47.12 
 
 
328 aa  305  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
363 aa  305  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  43.21 
 
 
363 aa  305  7e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  44.6 
 
 
362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  45.8 
 
 
366 aa  300  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  45.98 
 
 
336 aa  298  7e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  44.38 
 
 
359 aa  298  9e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.57 
 
 
355 aa  297  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.86 
 
 
357 aa  296  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  43.77 
 
 
363 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.63 
 
 
356 aa  296  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  45.48 
 
 
357 aa  295  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  49.44 
 
 
336 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  43.21 
 
 
338 aa  292  7e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  46.26 
 
 
353 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.43 
 
 
341 aa  276  6e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.49 
 
 
484 aa  263  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.84 
 
 
463 aa  237  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.48 
 
 
483 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  46.53 
 
 
513 aa  235  9e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.48 
 
 
483 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.37 
 
 
454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  48.97 
 
 
533 aa  234  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  48.66 
 
 
517 aa  232  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
451 aa  231  1e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  46.03 
 
 
549 aa  231  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.45 
 
 
509 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.82 
 
 
484 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  48.37 
 
 
539 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.22 
 
 
604 aa  230  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.36 
 
 
665 aa  229  6e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  51.05 
 
 
586 aa  229  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.37 
 
 
535 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2748  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.3 
 
 
542 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  47.7 
 
 
522 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
379 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.45 
 
 
561 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.19 
 
 
545 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  45.69 
 
 
493 aa  225  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.6 
 
 
473 aa  225  9e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.15 
 
 
515 aa  225  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1519  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.66 
 
 
493 aa  225  9e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0767712 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.52 
 
 
473 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.02 
 
 
442 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.19 
 
 
457 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.74 
 
 
461 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.77 
 
 
543 aa  224  2e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.72 
 
 
635 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.77 
 
 
515 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.34 
 
 
467 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.19 
 
 
451 aa  224  3e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.33 
 
 
457 aa  223  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0529  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  41.05 
 
 
491 aa  223  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  51.69 
 
 
623 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2072  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  40.9 
 
 
490 aa  223  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.12 
 
 
461 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>