More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3227 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
362 aa  736    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  58.5 
 
 
342 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.88 
 
 
381 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  50.7 
 
 
434 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
355 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.86 
 
 
356 aa  338  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
363 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  51.75 
 
 
342 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  51.75 
 
 
342 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  51.75 
 
 
342 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  50 
 
 
363 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  50.29 
 
 
357 aa  335  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  51.02 
 
 
331 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.29 
 
 
357 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
363 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  52.63 
 
 
331 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  51.03 
 
 
330 aa  334  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  51.02 
 
 
331 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  52.62 
 
 
328 aa  333  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  51.02 
 
 
326 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  51.6 
 
 
335 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  50.14 
 
 
359 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  48.32 
 
 
368 aa  332  8e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  52.33 
 
 
328 aa  332  9e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  48.3 
 
 
366 aa  331  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  48.19 
 
 
373 aa  331  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  50.29 
 
 
325 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
362 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  49.43 
 
 
362 aa  330  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
362 aa  330  3e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  50 
 
 
325 aa  328  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  49.56 
 
 
325 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  46.65 
 
 
340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  48.57 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  48.85 
 
 
363 aa  326  5e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  51.59 
 
 
331 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  50.44 
 
 
331 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  51 
 
 
353 aa  320  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  48.54 
 
 
336 aa  319  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.88 
 
 
336 aa  318  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  47.99 
 
 
338 aa  316  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  49.27 
 
 
357 aa  315  7e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  50 
 
 
338 aa  315  7e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  47.35 
 
 
372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.14 
 
 
370 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.17 
 
 
349 aa  296  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.12 
 
 
341 aa  292  7e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 
484 aa  278  9e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
469 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.38 
 
 
471 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
468 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
468 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.64 
 
 
483 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.28 
 
 
483 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
469 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
469 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2041  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.5 
 
 
455 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
483 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.9 
 
 
459 aa  241  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.41 
 
 
454 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  42.39 
 
 
491 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  42.27 
 
 
465 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.65 
 
 
448 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.47 
 
 
459 aa  237  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 
521 aa  237  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.42 
 
 
455 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3238  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.2 
 
 
662 aa  237  2e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0144494  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  40.85 
 
 
476 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.69 
 
 
459 aa  237  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  50 
 
 
445 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  40 
 
 
477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.32 
 
 
451 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.92 
 
 
477 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.52 
 
 
476 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.92 
 
 
477 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3070  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.21 
 
 
477 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.92 
 
 
477 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.92 
 
 
477 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1588  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
458 aa  233  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  51.41 
 
 
522 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0723  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.19 
 
 
474 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.431216  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0722  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.64 
 
 
475 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  43.67 
 
 
517 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.56 
 
 
477 aa  233  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
466 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.72 
 
 
477 aa  233  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
495 aa  232  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0688  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
476 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.891194  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.25 
 
 
539 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.44 
 
 
477 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  41.46 
 
 
465 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>