More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A1418 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  99.69 
 
 
325 aa  664    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  99.69 
 
 
325 aa  664    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  99.69 
 
 
325 aa  663    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  99.69 
 
 
325 aa  664    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
325 aa  666    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
325 aa  666    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
325 aa  666    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
325 aa  666    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
325 aa  666    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  86.5 
 
 
331 aa  584  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  86.5 
 
 
326 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  86.28 
 
 
331 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  86.2 
 
 
331 aa  574  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  86.2 
 
 
331 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  81.85 
 
 
325 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
335 aa  524  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  77.54 
 
 
328 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  76.6 
 
 
328 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
330 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  73.56 
 
 
342 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  73.56 
 
 
342 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  73.56 
 
 
342 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  74.92 
 
 
331 aa  490  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  62.96 
 
 
338 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  60.18 
 
 
357 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  59.27 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  59.34 
 
 
340 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.23 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  58.79 
 
 
357 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.47 
 
 
373 aa  412  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  59.31 
 
 
359 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  57.67 
 
 
362 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  56.94 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.39 
 
 
355 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.79 
 
 
357 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  57.42 
 
 
366 aa  408  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  57.39 
 
 
362 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  57.39 
 
 
362 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  56.66 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  57.67 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  56.66 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  56.94 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  56.66 
 
 
363 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  55.1 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  55.99 
 
 
368 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.18 
 
 
370 aa  391  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  53.33 
 
 
338 aa  358  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  53.54 
 
 
336 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  52.92 
 
 
342 aa  340  2.9999999999999998e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.1 
 
 
353 aa  332  8e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
362 aa  331  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.97 
 
 
341 aa  328  8e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.61 
 
 
381 aa  322  5e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.52 
 
 
349 aa  318  9e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  61.9 
 
 
434 aa  296  4e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.71 
 
 
484 aa  285  7e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.57 
 
 
463 aa  250  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
465 aa  249  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.55 
 
 
509 aa  246  4e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  44.41 
 
 
522 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  41.1 
 
 
509 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  40.68 
 
 
518 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.69 
 
 
514 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.34 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.79 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.02 
 
 
466 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.93 
 
 
452 aa  241  1e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
453 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.2 
 
 
459 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 
455 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.43 
 
 
650 aa  240  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.41 
 
 
483 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
466 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  42.81 
 
 
517 aa  239  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.4 
 
 
540 aa  239  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  44.21 
 
 
492 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.4 
 
 
461 aa  238  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.09 
 
 
483 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  43.4 
 
 
461 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.4 
 
 
461 aa  238  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.95 
 
 
515 aa  238  1e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.4 
 
 
461 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.4 
 
 
461 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  43.4 
 
 
461 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 
480 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  43.26 
 
 
550 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.65 
 
 
452 aa  237  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.09 
 
 
483 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
473 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
461 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40 
 
 
502 aa  236  5.0000000000000005e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.88 
 
 
456 aa  235  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
470 aa  235  7e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.64 
 
 
513 aa  235  7e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  39.56 
 
 
462 aa  235  8e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  42.99 
 
 
441 aa  235  8e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  42.99 
 
 
441 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  42.99 
 
 
441 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.14 
 
 
748 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  42.99 
 
 
441 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>