More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1226 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  100 
 
 
342 aa  692    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  58.5 
 
 
362 aa  394  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  55.69 
 
 
331 aa  351  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  55.69 
 
 
326 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  55.38 
 
 
331 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.78 
 
 
381 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  52.92 
 
 
325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  53.85 
 
 
331 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  53.85 
 
 
331 aa  338  5.9999999999999996e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  52.62 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  52.62 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  52.62 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  49.15 
 
 
368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  51.38 
 
 
338 aa  330  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  50 
 
 
357 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.82 
 
 
357 aa  329  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  50.88 
 
 
359 aa  329  4e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  49.42 
 
 
363 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.82 
 
 
356 aa  328  8e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  48.15 
 
 
366 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  49.13 
 
 
363 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  49.13 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  48.99 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  51.08 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  48.7 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  48.7 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  49.86 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  54.76 
 
 
353 aa  326  4.0000000000000003e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  50.76 
 
 
330 aa  325  6e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
363 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  51.08 
 
 
331 aa  324  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  48.85 
 
 
363 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  54.13 
 
 
336 aa  323  2e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.99 
 
 
341 aa  324  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  48.57 
 
 
373 aa  323  3e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.41 
 
 
355 aa  323  4e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  49.85 
 
 
328 aa  323  4e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  51.08 
 
 
342 aa  322  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  51.08 
 
 
342 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  51.08 
 
 
342 aa  322  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  67.92 
 
 
434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  49.85 
 
 
328 aa  320  3e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  50.46 
 
 
325 aa  319  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  48 
 
 
372 aa  319  3.9999999999999996e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  45.7 
 
 
338 aa  311  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.56 
 
 
349 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.56 
 
 
370 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  46.46 
 
 
340 aa  303  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  47.13 
 
 
357 aa  302  7.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  47.42 
 
 
336 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.04 
 
 
484 aa  280  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.88 
 
 
483 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.88 
 
 
483 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.33 
 
 
483 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  44.16 
 
 
539 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  49.39 
 
 
513 aa  230  3e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1090  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.42 
 
 
484 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.440204  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  43.85 
 
 
517 aa  229  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  42.9 
 
 
533 aa  229  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  43.79 
 
 
522 aa  229  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.13 
 
 
448 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.58 
 
 
442 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  45.04 
 
 
474 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.88 
 
 
448 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  42.27 
 
 
493 aa  225  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
454 aa  225  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  46.54 
 
 
480 aa  224  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  43.67 
 
 
485 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  48.73 
 
 
474 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
459 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  40.71 
 
 
483 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  40.76 
 
 
483 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  49.78 
 
 
488 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
458 aa  222  6e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  40.41 
 
 
537 aa  222  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  41.85 
 
 
455 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.23 
 
 
748 aa  221  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
463 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.83 
 
 
484 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.69 
 
 
480 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  38.21 
 
 
509 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  47.37 
 
 
486 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
486 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.99 
 
 
466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.12 
 
 
455 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.27 
 
 
521 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
486 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  40.31 
 
 
518 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.68 
 
 
665 aa  220  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.273908  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 
461 aa  220  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
486 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
456 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.22 
 
 
457 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2072  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.47 
 
 
490 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.07 
 
 
471 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>