More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1753 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
330 aa  669    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  80.61 
 
 
328 aa  534  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  79.7 
 
 
328 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  80.97 
 
 
331 aa  519  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  76.29 
 
 
335 aa  505  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  74.54 
 
 
325 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  74.54 
 
 
325 aa  498  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  73.8 
 
 
331 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  74.1 
 
 
331 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  75.08 
 
 
342 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  74.54 
 
 
325 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  74.85 
 
 
325 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  75.08 
 
 
342 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  75.08 
 
 
342 aa  499  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  73.8 
 
 
326 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  73.93 
 
 
331 aa  488  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  74.23 
 
 
331 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  72.7 
 
 
325 aa  476  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  60.61 
 
 
357 aa  421  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  60.61 
 
 
336 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  57.74 
 
 
340 aa  414  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.54 
 
 
355 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  58.29 
 
 
359 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  58.31 
 
 
363 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  58.03 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  58.03 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  58.03 
 
 
363 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  58.36 
 
 
362 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  58.36 
 
 
362 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  58.36 
 
 
362 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  61.23 
 
 
338 aa  411  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  58.29 
 
 
357 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  57.91 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.98 
 
 
373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  58.07 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.05 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.55 
 
 
372 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.05 
 
 
357 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  56.63 
 
 
368 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  55.59 
 
 
366 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.9 
 
 
370 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  54.33 
 
 
338 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  50.46 
 
 
353 aa  338  5.9999999999999996e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  54.29 
 
 
336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  51.03 
 
 
362 aa  334  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  50.76 
 
 
342 aa  325  5e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.98 
 
 
349 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
341 aa  312  4.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.75 
 
 
381 aa  309  4e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  61.04 
 
 
434 aa  287  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.96 
 
 
484 aa  280  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
459 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
463 aa  245  9e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
459 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  46.15 
 
 
522 aa  241  9e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
456 aa  240  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.79 
 
 
471 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  49.36 
 
 
518 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.36 
 
 
509 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.24 
 
 
459 aa  239  4e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.79 
 
 
650 aa  239  5.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  44.55 
 
 
459 aa  236  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.17 
 
 
476 aa  235  7e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.16 
 
 
635 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  48.51 
 
 
509 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  44.4 
 
 
520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3052  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 
476 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.8 
 
 
460 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.74 
 
 
461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.15 
 
 
517 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.82 
 
 
457 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.03 
 
 
470 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.74 
 
 
461 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.74 
 
 
461 aa  231  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.74 
 
 
461 aa  231  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.74 
 
 
461 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
473 aa  231  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.13 
 
 
524 aa  231  9e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0268  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
456 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540037 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.41 
 
 
467 aa  230  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
457 aa  230  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0283  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 
456 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.99 
 
 
495 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
478 aa  230  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
461 aa  229  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.473605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.43 
 
 
461 aa  230  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.33 
 
 
458 aa  229  4e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  44.98 
 
 
514 aa  229  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.5 
 
 
458 aa  229  7e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
480 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.38 
 
 
473 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  42.99 
 
 
511 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.38 
 
 
473 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  41.38 
 
 
462 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
469 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>