More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2625 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  100 
 
 
335 aa  681    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  80.66 
 
 
342 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  80.55 
 
 
328 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  80.66 
 
 
342 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  80.66 
 
 
342 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  79.94 
 
 
328 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  524  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  524  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  524  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  524  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  524  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  77.3 
 
 
325 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  77.3 
 
 
325 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  77.3 
 
 
325 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  77.61 
 
 
325 aa  523  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
331 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
331 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  76.69 
 
 
326 aa  511  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  80.49 
 
 
331 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  76.99 
 
 
331 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  76.99 
 
 
331 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  76.29 
 
 
330 aa  505  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  73.93 
 
 
325 aa  493  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  61.98 
 
 
357 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  61.63 
 
 
336 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.17 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  58.43 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.89 
 
 
357 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  57.38 
 
 
366 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.79 
 
 
355 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  61.03 
 
 
338 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  57.75 
 
 
363 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  59.37 
 
 
357 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  58.79 
 
 
340 aa  408  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  57.46 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  57.46 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  58.19 
 
 
362 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  58.15 
 
 
363 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  58.47 
 
 
362 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  57.46 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  57.63 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  57.91 
 
 
362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.01 
 
 
372 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  56.16 
 
 
373 aa  403  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  55.19 
 
 
368 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.98 
 
 
370 aa  381  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  52.4 
 
 
338 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  54.33 
 
 
336 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  50.3 
 
 
353 aa  339  5e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  51.6 
 
 
362 aa  334  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  51.08 
 
 
342 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.71 
 
 
341 aa  326  3e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.57 
 
 
349 aa  321  9.999999999999999e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.81 
 
 
381 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  60.08 
 
 
434 aa  291  2e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
484 aa  278  7e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
463 aa  250  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.82 
 
 
515 aa  248  9e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  42.06 
 
 
518 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
456 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
459 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.2 
 
 
452 aa  242  5e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  45.4 
 
 
459 aa  241  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.14 
 
 
524 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.83 
 
 
517 aa  241  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.59 
 
 
514 aa  239  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  42.81 
 
 
508 aa  239  5.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  41.34 
 
 
509 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 
453 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
467 aa  238  1e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  40.94 
 
 
517 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  42.2 
 
 
492 aa  237  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.51 
 
 
459 aa  237  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.85 
 
 
448 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.51 
 
 
509 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  45.22 
 
 
522 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.43 
 
 
521 aa  237  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.81 
 
 
439 aa  236  3e-61  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.49 
 
 
483 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  42.33 
 
 
491 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.49 
 
 
483 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.59 
 
 
539 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.04 
 
 
466 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  40.96 
 
 
473 aa  235  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
483 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.74 
 
 
448 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2355  two component Fis family transcriptional regulator  41.64 
 
 
465 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658958  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  42.01 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.51 
 
 
457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  42.01 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  42.19 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.64 
 
 
462 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  41.69 
 
 
441 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  42.5 
 
 
441 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  45.08 
 
 
511 aa  233  3e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  42.5 
 
 
441 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  41.82 
 
 
520 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  42.5 
 
 
441 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.21 
 
 
459 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  42.5 
 
 
441 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>