131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0003 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0003  putative cyclic nucleotide binding protein  100 
 
 		 226 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000897853  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000333  predicted N-ribosylNicotinamide CRP-like regulator  57.96 
 
 		 226 aa  284  9e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000153311  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06137  hypothetical protein  57.52 
 
 		 226 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4298  cyclic nucleotide binding protein, putative  57.85 
 
 		 224 aa  263  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3489  cyclic nucleotide-binding protein  56.05 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3793  cyclic nucleotide-binding protein  54.5 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0546  cyclic nucleotide-binding protein  54.5 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0551  cyclic nucleotide-binding protein  54.5 
 
 		 230 aa  239  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2717  cyclic nucleotide binding protein, putative  46.4 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1659  cyclic nucleotide-binding protein  46.4 
 
 		 226 aa  209  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0131527  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1840  cyclic nucleotide-binding protein  45.95 
 
 		 226 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00716362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2501  cyclic nucleotide-binding protein  45.05 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0611932  hitchhiker  0.00056277 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3273  cyclic nucleotide binding protein, putative  45.95 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.715975  normal  0.0894571 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3786  cyclic nucleotide-binding protein  46.85 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3424  cyclic nucleotide-binding protein  44.39 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1924  cyclic nucleotide binding protein, putative  38.74 
 
 		 222 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3683  cyclic nucleotide binding protein, putative  35.03 
 
 		 220 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.48 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.69 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.05 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  27.05 
 
 		 254 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  27.46 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  27.46 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  27.46 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  27.46 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  27.46 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0206  transcriptional regulator  26.49 
 
 		 212 aa  53.5  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000707778  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  29.72 
 
 		 266 aa  52.8  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.19 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 		 236 aa  52.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1894  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.4 
 
 		 214 aa  52  0.000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000758315  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 222 aa  52  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.35 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.59 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.96 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 230 aa  49.7  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  22.99 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 236 aa  49.3  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.98 
 
 		 229 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.08 
 
 		 224 aa  49.3  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.58 
 
 		 146 aa  48.9  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.96 
 
 		 228 aa  48.9  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 228 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.63 
 
 		 251 aa  48.9  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  30.1 
 
 		 265 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000000222196  unclonable  1.0277600000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  31.18 
 
 		 275 aa  48.5  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  27.17 
 
 		 407 aa  47.8  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1300  cyclic nucleotide-binding protein  25.81 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0388  cyclic nucleotide-binding protein  19.8 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  22.46 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.36 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 246 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.06 
 
 		 226 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 214 aa  47  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.9 
 
 		 231 aa  46.6  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  23.94 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5420  hypothetical protein  28.57 
 
 		 265 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00117771  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.92 
 
 		 223 aa  47  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3786  transcriptional regulator  20.87 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0919672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62260  hypothetical protein  28.57 
 
 		 265 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000560596  normal  0.205453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 225 aa  46.2  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 		 160 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.94 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.75 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 232 aa  45.8  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  24.11 
 
 		 224 aa  45.4  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  26 
 
 		 141 aa  45.4  0.0007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 263 aa  45.4  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 225 aa  45.4  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 228 aa  45.4  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0091  hypothetical protein  22.35 
 
 		 198 aa  45.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.87 
 
 		 225 aa  45.4  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4022  cyclic nucleotide-binding protein  32.38 
 
 		 166 aa  45.1  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 230 aa  45.1  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2946  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 214 aa  45.1  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.69422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  21.08 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  21.39 
 
 		 226 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  21.93 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  29.27 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.55 
 
 		 229 aa  44.3  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1859  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.11 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  22.92 
 
 		 228 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3926  cyclic nucleotide-binding protein  24.78 
 
 		 608 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.55 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.91 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>