34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3683 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3683  cyclic nucleotide binding protein, putative  100 
 
 		 220 aa  453  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1924  cyclic nucleotide binding protein, putative  46.51 
 
 		 222 aa  216  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4298  cyclic nucleotide binding protein, putative  37.85 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3489  cyclic nucleotide-binding protein  36.92 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2717  cyclic nucleotide binding protein, putative  33.16 
 
 		 226 aa  141  8e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000333  predicted N-ribosylNicotinamide CRP-like regulator  34.15 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000153311  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1840  cyclic nucleotide-binding protein  31.09 
 
 		 226 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00716362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3273  cyclic nucleotide binding protein, putative  35.16 
 
 		 238 aa  136  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.715975  normal  0.0894571 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2501  cyclic nucleotide-binding protein  31.61 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0611932  hitchhiker  0.00056277 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1659  cyclic nucleotide-binding protein  31.61 
 
 		 226 aa  134  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0131527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3786  cyclic nucleotide-binding protein  32.81 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0003  putative cyclic nucleotide binding protein  35.03 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000897853  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06137  hypothetical protein  31.22 
 
 		 226 aa  128  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3424  cyclic nucleotide-binding protein  32.79 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3793  cyclic nucleotide-binding protein  31.22 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0546  cyclic nucleotide-binding protein  30.73 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0551  cyclic nucleotide-binding protein  30.73 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  25.14 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0206  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000707778  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0336  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.12 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0158598  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.21 
 
 		 503 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  23.2 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  24.86 
 
 		 220 aa  46.6  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.9 
 
 		 230 aa  46.6  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 246 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1894  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.54 
 
 		 214 aa  45.8  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000758315  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.58 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0091  hypothetical protein  18.78 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  24.29 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 232 aa  42.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.74 
 
 		 258 aa  41.6  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 258 aa  41.6  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>