132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2450 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2450  DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  100 
 
 		 952 aa  1906    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11204  hypothetical protein  39.46 
 
 		 939 aa  566  1e-160  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00673851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2171  type III restriction enzyme, res subunit  27.36 
 
 		 989 aa  385  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0533781  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3249  type III restriction protein res subunit  25.37 
 
 		 884 aa  197  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0575  hypothetical protein  23.81 
 
 		 895 aa  180  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0502043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2405  type III restriction protein res subunit  24.7 
 
 		 930 aa  167  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752692  normal  0.0809494 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  29.17 
 
 		 443 aa  63.9  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  33.15 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  24.69 
 
 		 466 aa  61.2  0.00000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  33.88 
 
 		 479 aa  60.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  26.64 
 
 		 761 aa  60.1  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  26.37 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  32.35 
 
 		 444 aa  57.8  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  31.76 
 
 		 449 aa  57.8  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  32.41 
 
 		 468 aa  56.6  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0649  type III restriction enzyme, res subunit  29.38 
 
 		 462 aa  57  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.674278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  26.61 
 
 		 531 aa  57  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0819  type III restriction protein res subunit  32.78 
 
 		 479 aa  56.6  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  26.64 
 
 		 650 aa  55.8  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  32.78 
 
 		 479 aa  56.2  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  26.64 
 
 		 1294 aa  55.5  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1901  type III restriction enzyme, res subunit  28.73 
 
 		 451 aa  55.5  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  23.08 
 
 		 797 aa  55.1  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  38.3 
 
 		 466 aa  55.1  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  24.78 
 
 		 800 aa  54.7  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3950  helicase domain-containing protein  40.57 
 
 		 581 aa  54.7  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.626862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1556  type III restriction protein res subunit  30.08 
 
 		 470 aa  54.7  0.000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  26.67 
 
 		 585 aa  53.9  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0960  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 485 aa  54.3  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0773  type III restriction protein res subunit  30.68 
 
 		 463 aa  53.5  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0952838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  31.03 
 
 		 485 aa  53.5  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  26.74 
 
 		 558 aa  53.5  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  25.42 
 
 		 802 aa  53.5  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  24.79 
 
 		 930 aa  53.1  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  24.77 
 
 		 776 aa  53.1  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  27 
 
 		 654 aa  52.8  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.95 
 
 		 1077 aa  53.1  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  34.3 
 
 		 451 aa  52.4  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2939  helicase domain protein  29.65 
 
 		 545 aa  51.6  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4341  helicase domain-containing protein  40.59 
 
 		 559 aa  51.6  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  27.98 
 
 		 531 aa  51.6  0.00007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  26.96 
 
 		 647 aa  51.6  0.00008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  24.88 
 
 		 551 aa  50.4  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0844  type III restriction enzyme, res subunit  25.91 
 
 		 613 aa  50.8  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1875  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.63 
 
 		 633 aa  51.2  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  26.98 
 
 		 783 aa  51.2  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  28.73 
 
 		 451 aa  51.2  0.0001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  25.69 
 
 		 809 aa  51.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  24.78 
 
 		 444 aa  50.4  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  23.98 
 
 		 787 aa  50.4  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2932  type III restriction protein res subunit  39.8 
 
 		 558 aa  50.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.34 
 
 		 787 aa  50.1  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  26.96 
 
 		 652 aa  50.1  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3048  helicase domain protein  28.76 
 
 		 545 aa  50.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0891205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  32.16 
 
 		 451 aa  49.7  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  24.41 
 
 		 780 aa  49.3  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  24.77 
 
 		 825 aa  49.3  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5135  type III restriction protein res subunit  30.32 
 
 		 622 aa  49.7  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0782203 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  33.69 
 
 		 488 aa  49.3  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  24.78 
 
 		 796 aa  49.7  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  24.3 
 
 		 780 aa  48.9  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  23.83 
 
 		 784 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  23.83 
 
 		 784 aa  48.9  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  27.23 
 
 		 770 aa  48.9  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  27.32 
 
 		 524 aa  48.9  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4439  type III restriction protein res subunit  26.18 
 
 		 510 aa  48.9  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226232  normal  0.536892 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 479 aa  48.5  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  21.81 
 
 		 616 aa  48.9  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1537  helicase domain-containing protein  28.63 
 
 		 569 aa  48.5  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453838  normal  0.138046 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  25.07 
 
 		 998 aa  48.5  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2821  helicase domain-containing protein  29.2 
 
 		 545 aa  48.5  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127614  normal  0.294322 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  24.14 
 
 		 811 aa  48.1  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  26.61 
 
 		 469 aa  48.1  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  24.89 
 
 		 1095 aa  48.1  0.0007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4977  type III restriction protein res subunit  27.27 
 
 		 479 aa  48.1  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313567  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  24.36 
 
 		 815 aa  47.8  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0580  type III restriction protein res subunit  31.61 
 
 		 509 aa  48.1  0.0009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  25.43 
 
 		 811 aa  47.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1380  type III restriction enzyme, res subunit  28.18 
 
 		 601 aa  47.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.942893  normal  0.0185831 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 953 aa  47.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  23.83 
 
 		 821 aa  47.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.47 
 
 		 1076 aa  47.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  24.46 
 
 		 817 aa  47.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  22.82 
 
 		 769 aa  47.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  25.88 
 
 		 579 aa  47.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  23.67 
 
 		 1137 aa  47.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  24.79 
 
 		 815 aa  47.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  23.08 
 
 		 790 aa  47.8  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31430  DNA/RNA helicase, superfamily II  38.61 
 
 		 558 aa  47.8  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0658169  normal  0.0482356 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2049  helicase domain protein  38.78 
 
 		 558 aa  47.8  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.15 
 
 		 1075 aa  47.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  24.3 
 
 		 824 aa  47.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  24.89 
 
 		 793 aa  47.8  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21590  DNA/RNA helicase, superfamily II  40.4 
 
 		 550 aa  47.8  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.515357  hitchhiker  0.0079461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  23.72 
 
 		 810 aa  47.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0563  type III restriction protein res subunit  31.61 
 
 		 509 aa  47.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4794  helicase domain protein  32.37 
 
 		 554 aa  47.8  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.767422 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  30.91 
 
 		 494 aa  47.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24400  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.72 
 
 		 592 aa  47.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.21286 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  31.33 
 
 		 590 aa  46.6  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>