More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3573 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  63.04 
 
 
652 aa  808    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  62.89 
 
 
652 aa  813    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  64.47 
 
 
616 aa  793    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3573  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
591 aa  1213    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  64.48 
 
 
633 aa  820    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  65.05 
 
 
626 aa  819    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  67.84 
 
 
598 aa  836    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2338  sigma-54 factor, interaction region  60.83 
 
 
612 aa  728    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00232257  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  62.89 
 
 
652 aa  808    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  65.14 
 
 
619 aa  819    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  65.3 
 
 
619 aa  819    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  64.81 
 
 
628 aa  815    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  59.73 
 
 
602 aa  687    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  48.19 
 
 
587 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.23 
 
 
587 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003329  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.8 
 
 
586 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3175  putative GAF sensor protein  36.04 
 
 
629 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1736  helix-turn-helix, Fis-type  37.85 
 
 
617 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.590224  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3636  sigma54 specific transcriptional regulator  37.4 
 
 
616 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.82 
 
 
617 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130884  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.98 
 
 
657 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  38.52 
 
 
653 aa  382  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2041  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.08 
 
 
611 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.637814 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.14 
 
 
680 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  35.41 
 
 
724 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.41 
 
 
646 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.49 
 
 
638 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.14 
 
 
680 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.36 
 
 
629 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.26 
 
 
628 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.14 
 
 
680 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2259  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.28 
 
 
591 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.026618 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.88 
 
 
691 aa  371  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.68 
 
 
634 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
662 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.18 
 
 
637 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.76 
 
 
637 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.32 
 
 
646 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.76 
 
 
637 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
582 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.496385  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1892  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.25 
 
 
582 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  37.32 
 
 
661 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.15 
 
 
669 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  35.03 
 
 
651 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.49 
 
 
647 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.16 
 
 
666 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1732  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.87 
 
 
585 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.55 
 
 
648 aa  363  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.78 
 
 
632 aa  361  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.78 
 
 
632 aa  361  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.93 
 
 
640 aa  360  4e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.34 
 
 
653 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.89 
 
 
651 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.32 
 
 
652 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 
699 aa  356  7.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.82 
 
 
687 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.86 
 
 
662 aa  353  5e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.41 
 
 
660 aa  353  7e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  34.18 
 
 
663 aa  352  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.8 
 
 
657 aa  350  4e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.69 
 
 
609 aa  350  5e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.33 
 
 
672 aa  346  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 
676 aa  341  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.61 
 
 
663 aa  340  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.04 
 
 
708 aa  339  9e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0381  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.73 
 
 
663 aa  336  5.999999999999999e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24565  normal  0.15807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.08 
 
 
676 aa  334  3e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.86 
 
 
627 aa  333  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  37.05 
 
 
631 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.98 
 
 
683 aa  330  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  35.32 
 
 
640 aa  326  7e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  33.59 
 
 
673 aa  326  9e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2439  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.93 
 
 
625 aa  324  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.67 
 
 
682 aa  323  5e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3727  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.47 
 
 
653 aa  323  7e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.368153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.01 
 
 
636 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 
682 aa  321  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3467  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.98 
 
 
636 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2301  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.98 
 
 
636 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6814  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.95 
 
 
630 aa  316  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890865  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3129  transcription regulator protein  35 
 
 
637 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.869922  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  35.01 
 
 
643 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.09 
 
 
617 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1975  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.8 
 
 
614 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0941  transcriptional regulator AcoR  34.72 
 
 
625 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.85 
 
 
661 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1863  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.8 
 
 
605 aa  313  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0596  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.92 
 
 
617 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.88 
 
 
629 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.42 
 
 
705 aa  312  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10290  transcriptional regulator AcoR  34.66 
 
 
625 aa  312  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.153743  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41690  Sigma54-dependent transcriptional activator protein, AcoR  37.29 
 
 
613 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.15857  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3109  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.48 
 
 
666 aa  311  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4952  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.77 
 
 
666 aa  310  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.656553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2951  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.55 
 
 
639 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0236757  normal  0.346853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.02 
 
 
696 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.01 
 
 
671 aa  306  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.84 
 
 
725 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0598  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.19 
 
 
661 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4988  sigma54 specific transcriptional regulator  35.29 
 
 
638 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>