90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_4195 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  100 
 
 		 401 aa  825    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  37.07 
 
 		 409 aa  239  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.48 
 
 		 334 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  33.81 
 
 		 425 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  49.57 
 
 		 127 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  51.69 
 
 		 119 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  49.17 
 
 		 126 aa  120  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  32.71 
 
 		 422 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  52.59 
 
 		 125 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  50.85 
 
 		 126 aa  116  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  50.43 
 
 		 118 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  49.14 
 
 		 121 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  50.43 
 
 		 126 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  46.4 
 
 		 126 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.57 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  47.86 
 
 		 125 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  47.93 
 
 		 123 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  51.22 
 
 		 123 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  48.31 
 
 		 125 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  41.94 
 
 		 125 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  42.86 
 
 		 128 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  36.42 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  46.55 
 
 		 118 aa  104  4e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  46.61 
 
 		 127 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.97 
 
 		 124 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  46.96 
 
 		 119 aa  100  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  45.08 
 
 		 134 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 125 aa  97.8  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  46.83 
 
 		 127 aa  96.3  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  44.35 
 
 		 120 aa  96.3  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  41.53 
 
 		 124 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.3 
 
 		 373 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  42.48 
 
 		 126 aa  90.5  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 123 aa  90.5  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  37.38 
 
 		 137 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  40.17 
 
 		 117 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.14 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  33.04 
 
 		 140 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  35.71 
 
 		 141 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.68 
 
 		 125 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 125 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  23.15 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  23.82 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  24.45 
 
 		 360 aa  72.8  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 124 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.56 
 
 		 361 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  24.86 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.79 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  24.07 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  22.49 
 
 		 369 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.15 
 
 		 350 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  30.94 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  33.04 
 
 		 152 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  38.14 
 
 		 126 aa  67.4  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  23.62 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 131 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  24.36 
 
 		 385 aa  60.1  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 148 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  22.78 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0091  putative plasmid maintenance system antidote protein  30.07 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.838316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  34.78 
 
 		 133 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  31.86 
 
 		 132 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  29.91 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  31.48 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  32.48 
 
 		 132 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  31.48 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  29.91 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  31.48 
 
 		 142 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  35.83 
 
 		 138 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  35.83 
 
 		 138 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  35.83 
 
 		 138 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  35.83 
 
 		 138 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  35.83 
 
 		 138 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.83 
 
 		 138 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  26.24 
 
 		 371 aa  50.8  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  32.74 
 
 		 115 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  35.83 
 
 		 138 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25 
 
 		 362 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  25.98 
 
 		 367 aa  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  33.04 
 
 		 138 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.17 
 
 		 138 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  33.93 
 
 		 139 aa  47.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  31.78 
 
 		 368 aa  47  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 145 aa  46.2  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  31.25 
 
 		 132 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 139 aa  45.8  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.51 
 
 		 139 aa  43.9  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.84 
 
 		 292 aa  44.3  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  30.67 
 
 		 135 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>