57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3283 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  306  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  76.69 
 
 		 141 aa  216  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  62.99 
 
 		 125 aa  159  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  54.96 
 
 		 140 aa  154  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  52.67 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  52.42 
 
 		 125 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 125 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 123 aa  107  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  38.84 
 
 		 125 aa  104  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  44.17 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  43.59 
 
 		 124 aa  99.8  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  36.44 
 
 		 126 aa  90.9  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  40.34 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  37.9 
 
 		 125 aa  89.4  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 121 aa  89  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  39.06 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  38.79 
 
 		 127 aa  88.2  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  43.14 
 
 		 128 aa  88.2  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  38.66 
 
 		 123 aa  87.4  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  38.79 
 
 		 119 aa  85.5  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  37.07 
 
 		 120 aa  84.7  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  36.44 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  37.93 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  36.21 
 
 		 126 aa  83.6  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 118 aa  80.9  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.79 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  33.62 
 
 		 118 aa  79.3  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  33.61 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  32.43 
 
 		 119 aa  72  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  33.62 
 
 		 117 aa  68.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  33.04 
 
 		 401 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  33.62 
 
 		 409 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  42.86 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  37.08 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  35.09 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  39.73 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 124 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 179 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  31.82 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  38 
 
 		 56 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 121 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  38.18 
 
 		 80 aa  41.6  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  27.08 
 
 		 138 aa  41.2  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  27.06 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  27.06 
 
 		 140 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>