57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1284 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  100 
 
 		 125 aa  250  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  56.78 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  52.1 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  52.1 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  52.5 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.39 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  50.83 
 
 		 127 aa  117  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  50.42 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  50.41 
 
 		 123 aa  117  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  50.85 
 
 		 123 aa  117  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  49.6 
 
 		 125 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  53.72 
 
 		 126 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  50.86 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  50.42 
 
 		 119 aa  114  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  49.17 
 
 		 126 aa  113  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 118 aa  110  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  44.8 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  47.06 
 
 		 126 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  48.31 
 
 		 401 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  47.2 
 
 		 128 aa  105  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  40.62 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  45.83 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  44.54 
 
 		 117 aa  100  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  42.86 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  45.3 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 123 aa  94.7  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 125 aa  92  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  37.9 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 134 aa  89  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  36.36 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  40.65 
 
 		 409 aa  84.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  43.1 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  33.06 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  40.34 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  33.88 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  31.67 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.94 
 
 		 334 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.1 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.1 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.1 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.1 
 
 		 142 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.1 
 
 		 142 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  31.97 
 
 		 155 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  34.25 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  31.45 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  26.05 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  26.04 
 
 		 132 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  27.73 
 
 		 139 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>