26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2132 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 121 aa  240  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  34.68 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  33.87 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4295  hypothetical protein  29.66 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  30.97 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2868  hypothetical protein  36.11 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.108097  normal  0.596678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  31.36 
 
 		 126 aa  53.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  26.79 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 125 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  37.5 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 187 aa  44.3  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  29.27 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 126 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 134 aa  42.7  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 79 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  29.17 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  32.14 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  25.89 
 
 		 123 aa  41.2  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  26.89 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  25.42 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 		 139 aa  40.4  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  22.32 
 
 		 125 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  25 
 
 		 126 aa  40  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>