58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2391 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  100 
 
 		 127 aa  249  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  66.67 
 
 		 126 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  64.96 
 
 		 119 aa  157  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  59.35 
 
 		 128 aa  151  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  58.12 
 
 		 123 aa  140  9e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  56.78 
 
 		 121 aa  138  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  56.41 
 
 		 123 aa  139  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  61.54 
 
 		 127 aa  138  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  58.97 
 
 		 125 aa  135  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  58.97 
 
 		 125 aa  134  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  55.2 
 
 		 126 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  51.69 
 
 		 118 aa  127  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  54.92 
 
 		 124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  49.57 
 
 		 401 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  56.03 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  51.28 
 
 		 125 aa  120  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  50.83 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  50 
 
 		 119 aa  116  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  50.43 
 
 		 126 aa  114  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.3 
 
 		 118 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  50.43 
 
 		 126 aa  113  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  45.38 
 
 		 120 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  43.22 
 
 		 117 aa  104  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 134 aa  100  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  43.97 
 
 		 141 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  48.8 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 125 aa  96.7  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  43.22 
 
 		 124 aa  95.5  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  38.98 
 
 		 140 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  40.16 
 
 		 125 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  38.79 
 
 		 152 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  36.52 
 
 		 137 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  35.54 
 
 		 409 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  35.71 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  36.61 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  65.12 
 
 		 334 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  34.82 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  53.06 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  31.67 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  31.67 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  31.67 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  31.67 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  31.67 
 
 		 142 aa  51.6  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  35.44 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  24.56 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  26.17 
 
 		 140 aa  47  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2845  hypothetical protein  56.76 
 
 		 52 aa  47  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  26.17 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  41.18 
 
 		 56 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  27.87 
 
 		 155 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  29.9 
 
 		 132 aa  44.3  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  40.82 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  30.09 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  25.42 
 
 		 126 aa  40  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>