66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3111 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 124 aa  248  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  38.33 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  37.27 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.19 
 
 		 401 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  36.89 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  34.45 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  33.62 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.04 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  30 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  33.33 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  35.4 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  35.09 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  38.39 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  33.91 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  31.58 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  34.71 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.75 
 
 		 124 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  30.77 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  39.24 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  32.76 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  29.75 
 
 		 125 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  32.76 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  32.76 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  38.16 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  32.76 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  32.76 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  31.5 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  39.74 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  27.68 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  39.47 
 
 		 135 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 125 aa  57  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  30.7 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  28.32 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.05 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  27.43 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  29.91 
 
 		 125 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 409 aa  50.8  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 139 aa  50.1  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  35.06 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  34.29 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  31.19 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  50 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  29.63 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  28.32 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  30.33 
 
 		 138 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  27.83 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  48.08 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  48.08 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  48.08 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.08 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.08 
 
 		 138 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  48.08 
 
 		 138 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  26.61 
 
 		 126 aa  47  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  26.61 
 
 		 126 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  31.3 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  46.94 
 
 		 334 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 179 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 137 aa  41.6  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  37.97 
 
 		 143 aa  42  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>