46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3518 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  100 
 
 		 138 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  99.28 
 
 		 138 aa  280  6.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  99.28 
 
 		 138 aa  280  6.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  99.28 
 
 		 138 aa  280  6.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.28 
 
 		 138 aa  280  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  99.28 
 
 		 138 aa  280  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  98.55 
 
 		 138 aa  276  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  97.83 
 
 		 138 aa  275  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  49.64 
 
 		 139 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  47.41 
 
 		 138 aa  137  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  48.85 
 
 		 139 aa  136  7.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  47.01 
 
 		 139 aa  133  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  46.72 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  46.72 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  46.72 
 
 		 142 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  46.72 
 
 		 142 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  46.72 
 
 		 142 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0071  hypothetical protein  46.4 
 
 		 138 aa  107  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0908628  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  37.19 
 
 		 155 aa  89  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0384  hypothetical protein  44.21 
 
 		 161 aa  86.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0231011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2906  putative DNA-binding protein  36.76 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  34.59 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  32.31 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  36.97 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  35.25 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  34.51 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31880  hypothetical protein  53.85 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  32.23 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.83 
 
 		 401 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.62 
 
 		 115 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  31.36 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  35.14 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  33.04 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  33.06 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 124 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 126 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  30.25 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4211  hypothetical protein  30.77 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.717142  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  30.33 
 
 		 143 aa  41.6  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  34.04 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  26.79 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>