57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0408 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 138 aa  279  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  49.25 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.51 
 
 		 139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.15 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  48.15 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  48.15 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.15 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.15 
 
 		 138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  47.41 
 
 		 138 aa  137  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  48.15 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  47.01 
 
 		 139 aa  134  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  43.07 
 
 		 142 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  43.07 
 
 		 142 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  43.07 
 
 		 142 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  42.34 
 
 		 142 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  42.34 
 
 		 142 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0071  hypothetical protein  40.65 
 
 		 138 aa  84  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0908628  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  36.44 
 
 		 155 aa  83.6  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2906  putative DNA-binding protein  36.96 
 
 		 138 aa  83.6  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0384  hypothetical protein  46.81 
 
 		 161 aa  81.6  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0231011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  36.03 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  31.58 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  31.86 
 
 		 120 aa  57  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31880  hypothetical protein  48.08 
 
 		 67 aa  53.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  37.14 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  32.74 
 
 		 123 aa  51.2  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 123 aa  50.1  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  33.04 
 
 		 401 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  34.19 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  31.86 
 
 		 123 aa  47.8  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4211  hypothetical protein  38.36 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.717142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  30.7 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  26.96 
 
 		 140 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  25.66 
 
 		 125 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  32.67 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  32.17 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 124 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 409 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  34.19 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  26.55 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  34.19 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  26.05 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  25.51 
 
 		 132 aa  41.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  25.21 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 222 aa  41.2  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  40.8  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  40.8  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  40.8  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  27.08 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>