56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_2087 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  100 
 
 		 124 aa  248  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  62.07 
 
 		 125 aa  149  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  60.98 
 
 		 126 aa  148  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  59.35 
 
 		 126 aa  146  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  58.62 
 
 		 123 aa  136  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  59.68 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  60.34 
 
 		 123 aa  135  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  54.78 
 
 		 119 aa  131  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  52.59 
 
 		 118 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  54.92 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  53.97 
 
 		 128 aa  124  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  53.39 
 
 		 125 aa  122  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  52.21 
 
 		 126 aa  120  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  50.43 
 
 		 121 aa  120  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  57.26 
 
 		 119 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  50.86 
 
 		 126 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  49.17 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  49.57 
 
 		 120 aa  117  6e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  53.91 
 
 		 127 aa  116  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.83 
 
 		 117 aa  114  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  47.86 
 
 		 118 aa  113  7.999999999999999e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  48.25 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.49 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.97 
 
 		 401 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 134 aa  100  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 125 aa  100  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 125 aa  98.2  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 123 aa  96.7  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  46.28 
 
 		 127 aa  84  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  37.61 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 409 aa  83.6  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  37.39 
 
 		 137 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  37.93 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  38.79 
 
 		 152 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  41.53 
 
 		 131 aa  79.7  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  43.36 
 
 		 126 aa  77.8  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 124 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.62 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  30.97 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  28.23 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  36.78 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 334 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.12 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  30.7 
 
 		 138 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.12 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 157 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  35.19 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  41.3 
 
 		 105 aa  41.6  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  25.42 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  25.42 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>