41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_3003 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 139 aa  283  7e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  79.14 
 
 		 139 aa  234  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  79.14 
 
 		 139 aa  230  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  48.51 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  47.01 
 
 		 138 aa  133  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.27 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  46.27 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  46.27 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  46.27 
 
 		 138 aa  130  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  45.52 
 
 		 138 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  44.68 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  44.68 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  44.68 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  44.68 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  44.68 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  48.28 
 
 		 155 aa  103  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0071  hypothetical protein  42.31 
 
 		 138 aa  94  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0908628  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2906  putative DNA-binding protein  37.23 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0384  hypothetical protein  44.68 
 
 		 161 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0231011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  35.2 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  33.33 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  28.81 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  29.13 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31880  hypothetical protein  47.06 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4211  hypothetical protein  34.94 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.717142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  31.3 
 
 		 118 aa  47  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.51 
 
 		 401 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.31 
 
 		 125 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  31.62 
 
 		 148 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 125 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  27.59 
 
 		 120 aa  41.2  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  29.46 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.86 
 
 		 185 aa  40.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 124 aa  40.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>