52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6762 on replicon NC_013731
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 148 aa  304  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  46.46 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  31.93 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  36.28 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 409 aa  67  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  34.04 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  26.52 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  29.37 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  31.86 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  30 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  33.88 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  30.97 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  31.45 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  31.62 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  28.57 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.48 
 
 		 401 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  28.93 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  31.91 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  31.58 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  30.7 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  30.17 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  30.97 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  32.22 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.48 
 
 		 115 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  25.64 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  24.56 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  32.31 
 
 		 155 aa  49.7  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  40 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  28.95 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  30.48 
 
 		 120 aa  47.8  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  29.41 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  25.44 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  24.17 
 
 		 125 aa  47.4  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  30.12 
 
 		 127 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  27.5 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  33.05 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  33.05 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  31.62 
 
 		 139 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  32.48 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  23.01 
 
 		 117 aa  40  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>