56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5739 on replicon NC_011760
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  276  8e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 125 aa  144  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  58.82 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  51.11 
 
 		 141 aa  141  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  52.67 
 
 		 152 aa  140  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  49.63 
 
 		 140 aa  140  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 123 aa  121  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 		 124 aa  113  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  39.52 
 
 		 125 aa  101  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  42.61 
 
 		 125 aa  101  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  38.66 
 
 		 126 aa  94  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  40.54 
 
 		 126 aa  93.6  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  37.38 
 
 		 401 aa  90.1  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  37.17 
 
 		 121 aa  90.1  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  35.65 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  36.89 
 
 		 123 aa  87.4  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  36.52 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  34.96 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  37.17 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  36.36 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.9 
 
 		 117 aa  84.7  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  35.59 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  40.4 
 
 		 128 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  37.39 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  34.75 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 409 aa  80.5  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  37.17 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  34.23 
 
 		 120 aa  77.8  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  32.74 
 
 		 119 aa  75.5  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  33.91 
 
 		 119 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  35.83 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  35.04 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  26.52 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  34.55 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  37.08 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 157 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 179 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 145 aa  51.6  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  31.4 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  31.4 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  31.4 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  31.4 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  31.4 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  29.63 
 
 		 135 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  31.86 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  41.82 
 
 		 56 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  30.21 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  28.7 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  46.51 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.78 
 
 		 334 aa  40.4  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>