55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_5485 on replicon NC_007950
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  100 
 
 		 119 aa  241  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  64.96 
 
 		 127 aa  157  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  59.32 
 
 		 126 aa  144  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  57.63 
 
 		 123 aa  141  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  59.48 
 
 		 127 aa  139  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  56.78 
 
 		 125 aa  137  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  58.12 
 
 		 126 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  52.99 
 
 		 128 aa  135  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  55.08 
 
 		 123 aa  134  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  59.48 
 
 		 126 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  53.78 
 
 		 121 aa  130  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  56.78 
 
 		 125 aa  130  7.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  51.69 
 
 		 401 aa  124  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  50.43 
 
 		 118 aa  121  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  52.54 
 
 		 125 aa  120  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  57.26 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  50.43 
 
 		 119 aa  115  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  46.22 
 
 		 118 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  51.3 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  50 
 
 		 126 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  47.86 
 
 		 120 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  46.09 
 
 		 126 aa  106  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  49.14 
 
 		 127 aa  99.4  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 125 aa  97.4  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  41.88 
 
 		 117 aa  96.7  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  43.9 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 123 aa  90.9  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.79 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  32.48 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  33.91 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  31.36 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  32.43 
 
 		 152 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 409 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  40.52 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  38.05 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  65.31 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2845  hypothetical protein  65.91 
 
 		 52 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.88 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  56.82 
 
 		 334 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  48 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4170  putative transcription regulator with HTH domain protein  55.81 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  31.58 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  40.74 
 
 		 80 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  42 
 
 		 56 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  33 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  32.05 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.59 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.59 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.59 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.59 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.59 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>