71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1615 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  100 
 
 		 126 aa  253  9e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  75.4 
 
 		 126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  57.85 
 
 		 125 aa  148  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  60.98 
 
 		 124 aa  148  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  57.98 
 
 		 123 aa  147  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  57.63 
 
 		 123 aa  141  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  60.68 
 
 		 126 aa  140  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  54.47 
 
 		 126 aa  140  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  51.28 
 
 		 126 aa  139  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  58.12 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  52.94 
 
 		 121 aa  133  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  55.2 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  55.75 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  58.62 
 
 		 127 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  53.78 
 
 		 125 aa  130  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  54.31 
 
 		 128 aa  129  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.06 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  50.43 
 
 		 125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 118 aa  120  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  50.85 
 
 		 401 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  45.69 
 
 		 118 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  49.17 
 
 		 125 aa  113  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  44.74 
 
 		 120 aa  110  7.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  42.98 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  44.72 
 
 		 134 aa  97.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  51.75 
 
 		 127 aa  97.1  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  38.66 
 
 		 137 aa  94  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  38.4 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  36.44 
 
 		 141 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  36.44 
 
 		 152 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  39.5 
 
 		 409 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  40.18 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  31.93 
 
 		 148 aa  70.1  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  37.07 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  26.61 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 334 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  38.46 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  30.58 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  28.57 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  34.12 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  33.06 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  33.06 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.06 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  33.06 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  33.06 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  33.06 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  33.06 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  29.79 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  30.77 
 
 		 140 aa  47.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  33.33 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  30.77 
 
 		 140 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 132 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  32.67 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0055  hypothetical protein  51.43 
 
 		 40 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  28.72 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.89 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.89 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.89 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.89 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.89 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2845  hypothetical protein  65.38 
 
 		 52 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  21.05 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  21.05 
 
 		 179 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>