68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3978 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 125 aa  249  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  56.14 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  50.43 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  48.7 
 
 		 126 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  51.28 
 
 		 127 aa  120  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  51.24 
 
 		 134 aa  116  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.96 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  51.69 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  47.01 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  48.31 
 
 		 121 aa  114  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  51.3 
 
 		 119 aa  114  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  51.24 
 
 		 127 aa  114  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  49.12 
 
 		 123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  42.24 
 
 		 118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  47.83 
 
 		 120 aa  111  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  48.25 
 
 		 124 aa  111  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  47.37 
 
 		 123 aa  111  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.86 
 
 		 401 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  50 
 
 		 126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  44.74 
 
 		 126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  46.55 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  42.98 
 
 		 119 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  42.24 
 
 		 118 aa  97.8  4e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  45.3 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  42.74 
 
 		 409 aa  95.1  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  39.13 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  41.59 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  37.29 
 
 		 137 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  34.75 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  40.24 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  36.28 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  62.5 
 
 		 334 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  45.95 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  44.3 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  35.71 
 
 		 152 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  32.76 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  34.34 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 132 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  29.41 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  28.1 
 
 		 126 aa  51.2  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  28.57 
 
 		 140 aa  50.8  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.97 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.97 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 138 aa  48.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.4 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  24.78 
 
 		 145 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  31.58 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  31.4 
 
 		 138 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  35.42 
 
 		 123 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 179 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  28.12 
 
 		 132 aa  43.5  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  32.46 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  25 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>