41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0274 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 179 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 157 aa  321  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  35.38 
 
 		 133 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  32.73 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  31.58 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  32.71 
 
 		 115 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 125 aa  53.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  28.44 
 
 		 137 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  29.73 
 
 		 127 aa  50.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  30.28 
 
 		 125 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  23.64 
 
 		 121 aa  48.5  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  26.36 
 
 		 125 aa  48.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  24.17 
 
 		 140 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.57 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  25.93 
 
 		 141 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  27.59 
 
 		 119 aa  46.6  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 124 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.57 
 
 		 142 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 123 aa  45.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  26.55 
 
 		 125 aa  45.1  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  25.93 
 
 		 152 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  28.7 
 
 		 125 aa  45.1  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  28.26 
 
 		 127 aa  44.7  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  27.19 
 
 		 131 aa  44.3  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 124 aa  43.9  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 409 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  28.81 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  26.55 
 
 		 124 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 125 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  23.68 
 
 		 126 aa  42.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 125 aa  42.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  27.12 
 
 		 120 aa  42.4  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  29.57 
 
 		 123 aa  42.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  28.32 
 
 		 123 aa  42.4  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  31.48 
 
 		 143 aa  42  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  22.81 
 
 		 126 aa  41.2  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 138 aa  41.6  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  25.32 
 
 		 126 aa  40.8  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>