47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1712 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  100 
 
 		 140 aa  285  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  96.43 
 
 		 140 aa  277  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  40.87 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  31.82 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  35.4 
 
 		 132 aa  67  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  35.4 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  34.51 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.51 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  34.51 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.51 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  34.51 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  34.51 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.51 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  29.41 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  35 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  35 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  35 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  35 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  35 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  33.8 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 121 aa  51.2  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 125 aa  50.8  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  27.59 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  27.73 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 125 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  29.17 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  36.36 
 
 		 128 aa  47  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  30.77 
 
 		 126 aa  47  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  26.17 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  25.78 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 125 aa  45.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  28.44 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  29 
 
 		 125 aa  45.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  25 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  28.85 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  34.19 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  27.74 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.67 
 
 		 115 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  30.17 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  26.27 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  29.31 
 
 		 127 aa  41.6  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  25.42 
 
 		 124 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  27.06 
 
 		 152 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>