61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0265 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  257  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  58.06 
 
 		 137 aa  144  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  52.42 
 
 		 141 aa  141  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  52.42 
 
 		 152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  48.39 
 
 		 140 aa  131  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  49.58 
 
 		 125 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  51.64 
 
 		 125 aa  121  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  47.11 
 
 		 125 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  47.01 
 
 		 128 aa  114  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  42.74 
 
 		 121 aa  110  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  45.69 
 
 		 127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  42.74 
 
 		 126 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 126 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  43.44 
 
 		 126 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  41.18 
 
 		 126 aa  103  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  41.6 
 
 		 123 aa  103  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  41.74 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  41.18 
 
 		 123 aa  99  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  39.17 
 
 		 118 aa  98.2  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  40.65 
 
 		 126 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  40.52 
 
 		 401 aa  97.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  42.74 
 
 		 124 aa  98.2  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  38.14 
 
 		 119 aa  97.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  40.17 
 
 		 127 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  40.17 
 
 		 120 aa  94  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  37.61 
 
 		 118 aa  93.6  8e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  36.29 
 
 		 125 aa  92  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.46 
 
 		 117 aa  91.3  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  39.32 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  33.06 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  34.96 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  34.19 
 
 		 409 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  40.52 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 		 131 aa  67  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  44.19 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 124 aa  57  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.61 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  31.58 
 
 		 132 aa  50.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  45.83 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  31.31 
 
 		 140 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  30.83 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  30.83 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  30.83 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  30.3 
 
 		 140 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  30.53 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  42.86 
 
 		 56 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  29.49 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 334 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  31.63 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  30.59 
 
 		 115 aa  40.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  27.43 
 
 		 139 aa  40.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>