52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4425 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 134 aa  267  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  51.24 
 
 		 125 aa  116  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  49.58 
 
 		 125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  43.9 
 
 		 121 aa  101  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  45 
 
 		 127 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.54 
 
 		 124 aa  100  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  49.58 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 126 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  45.08 
 
 		 401 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  48.74 
 
 		 123 aa  98.6  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  41.32 
 
 		 117 aa  97.8  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  44.72 
 
 		 126 aa  97.4  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  43.9 
 
 		 119 aa  95.9  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  45.16 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  40.65 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  46.22 
 
 		 126 aa  93.6  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  41.6 
 
 		 119 aa  92.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  39.67 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  41.8 
 
 		 125 aa  90.9  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  40.98 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  42.5 
 
 		 120 aa  87.4  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  40 
 
 		 128 aa  86.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  36.97 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  38.14 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  38.02 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  33.07 
 
 		 409 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  43.7 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.25 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  35.04 
 
 		 137 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  39.32 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  37.5 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  31.97 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.1 
 
 		 334 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  27.05 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  26.89 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  32.03 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  32.41 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  26.67 
 
 		 142 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  26.67 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  31.31 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  30.56 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 121 aa  42.7  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  31.68 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>