54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5232 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  100 
 
 		 117 aa  237  4e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  49.57 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.69 
 
 		 118 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  46.96 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  47.83 
 
 		 124 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  53.39 
 
 		 128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  47.01 
 
 		 120 aa  110  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  44.44 
 
 		 119 aa  110  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  43.22 
 
 		 127 aa  104  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  45.76 
 
 		 118 aa  105  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  42.98 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  42.61 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  45.22 
 
 		 123 aa  101  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  44.54 
 
 		 125 aa  100  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  41.23 
 
 		 126 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  42.02 
 
 		 121 aa  98.6  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  45.22 
 
 		 127 aa  98.2  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  41.74 
 
 		 123 aa  98.2  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  41.32 
 
 		 134 aa  97.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  41.03 
 
 		 125 aa  97.1  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  41.88 
 
 		 119 aa  96.7  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  42.61 
 
 		 126 aa  95.5  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  39.66 
 
 		 125 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 123 aa  92.8  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 125 aa  91.3  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  36.52 
 
 		 126 aa  89.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  40.17 
 
 		 401 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  35.9 
 
 		 409 aa  87.8  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  43.36 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  35.9 
 
 		 137 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  34.48 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  33.61 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  33.62 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  33.62 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  27.59 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  30.43 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.12 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.12 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.12 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  25 
 
 		 140 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  25 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  42.86 
 
 		 138 aa  43.5  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  34.18 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  37.5 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  26.89 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  34.62 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4170  putative transcription regulator with HTH domain protein  43.9 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  23.01 
 
 		 148 aa  40  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>