52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3645 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 143 aa  287  4e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  30.28 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  26.77 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.28 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  34.71 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  35.09 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  25.2 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  34.86 
 
 		 120 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  31.58 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  34.12 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  31.68 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  35.9 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  36.84 
 
 		 125 aa  45.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  31.86 
 
 		 137 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  26.5 
 
 		 127 aa  45.1  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  35.44 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  32.94 
 
 		 125 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  26.36 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4073  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 141 aa  43.5  0.0009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  27.34 
 
 		 140 aa  43.5  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  32.22 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  32.94 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  27.74 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  35.71 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.18 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  30.09 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  30.09 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  32.46 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  27.19 
 
 		 126 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  30.33 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 		 179 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 121 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 124 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 		 157 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  29.51 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  33.33 
 
 		 238 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 57 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  33.33 
 
 		 238 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1672  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.9 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 230 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  29.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  29.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  29.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 187 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1377  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.73 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0803  hypothetical protein  40 
 
 		 255 aa  40  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0115457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>