61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7326 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  100 
 
 		 125 aa  248  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 125 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  62.99 
 
 		 152 aa  158  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  60.63 
 
 		 141 aa  150  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  58.82 
 
 		 137 aa  142  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  58.2 
 
 		 140 aa  141  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 123 aa  127  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  47.06 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  51.64 
 
 		 125 aa  121  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  45.6 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  44.8 
 
 		 125 aa  117  7e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  44.8 
 
 		 125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.49 
 
 		 124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  44.26 
 
 		 126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 118 aa  105  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  45.3 
 
 		 123 aa  103  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  46.15 
 
 		 123 aa  103  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  40.52 
 
 		 119 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  40.35 
 
 		 120 aa  98.2  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  40.34 
 
 		 125 aa  96.7  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  46.22 
 
 		 124 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  39.66 
 
 		 117 aa  94.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  46.08 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  38.14 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  39.66 
 
 		 126 aa  91.3  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  40.16 
 
 		 127 aa  90.1  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 121 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  38.79 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 409 aa  80.5  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  38.68 
 
 		 401 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  35.04 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  35.25 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  39.81 
 
 		 127 aa  63.5  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  39.77 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  36.28 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 145 aa  54.3  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  36.17 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  52  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  52  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  33.05 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  33.05 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  33.05 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 124 aa  51.6  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  44.23 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 179 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  28.72 
 
 		 132 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  45.83 
 
 		 105 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  25.66 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  25.84 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.31 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.74 
 
 		 334 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  25.84 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  26.79 
 
 		 138 aa  40.8  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  25.89 
 
 		 138 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>