56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2787 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  100 
 
 		 123 aa  249  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  87.7 
 
 		 123 aa  220  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  60.8 
 
 		 125 aa  157  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  60.68 
 
 		 125 aa  152  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  60.17 
 
 		 127 aa  144  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  57.63 
 
 		 126 aa  141  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  58.12 
 
 		 126 aa  140  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  56.41 
 
 		 127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  57.26 
 
 		 121 aa  138  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  58.62 
 
 		 124 aa  136  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  54.31 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  51.61 
 
 		 128 aa  135  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  55.08 
 
 		 119 aa  134  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  54.78 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  49.12 
 
 		 126 aa  121  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  51.3 
 
 		 120 aa  120  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  50.85 
 
 		 125 aa  117  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  50.43 
 
 		 118 aa  114  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  51.22 
 
 		 401 aa  110  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  44.44 
 
 		 126 aa  110  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.69 
 
 		 118 aa  108  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  45.3 
 
 		 125 aa  103  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  48.74 
 
 		 134 aa  98.6  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 125 aa  99  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  41.74 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  50.88 
 
 		 127 aa  95.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 125 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  38.66 
 
 		 152 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  35.29 
 
 		 141 aa  86.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  35.59 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  34.19 
 
 		 140 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  34.17 
 
 		 409 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  37.72 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  38.39 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  31.62 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  50 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  32.74 
 
 		 138 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  29.57 
 
 		 126 aa  50.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  30.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  29.57 
 
 		 126 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4170  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.66 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  30.25 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  30.25 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  30.25 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  30.25 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.38 
 
 		 334 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  31.9 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  30.25 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  27.66 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 145 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>