49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5530 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 131 aa  261  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  65.57 
 
 		 126 aa  163  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  41.53 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 123 aa  82.8  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  42.34 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  40.35 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  38.71 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  36.13 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  39.64 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  40.34 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  39.64 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  39.47 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  42.86 
 
 		 152 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  32.48 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  40.52 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  41.88 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  38.05 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  37.1 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  34.21 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  38.94 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  36.21 
 
 		 126 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  42.02 
 
 		 127 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  39.82 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  39.29 
 
 		 401 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  37.76 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  34.82 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 409 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  33.68 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  34.51 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  30.89 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  37.84 
 
 		 127 aa  53.9  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  29.82 
 
 		 133 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 157 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  28.74 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  28.74 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  28.74 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  28.74 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  28.74 
 
 		 142 aa  43.5  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  32 
 
 		 135 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  26.13 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>